（二）管辖问题
目前，依据最高法院的相关司法解释，涉及商业秘密的民事案件都由中级人民法院管辖，但涉嫌商业秘密的刑事案件却可以由基层人民法院管辖。从理论上来讲，刑事程序应当更加严格，相应地，在商业秘密犯罪案件的级别管辖上也应当要求更高。因此，无论是从发案率还是从案件的疑难复杂程度方面来说，商业秘密犯罪案件都以中级人民法院管辖为宜。从司法实践的角度分析，由基层法院管辖商业秘密刑事案件存在着难度：一方面，由于我国的现实国情，商业秘密案件发案率不高，有时一个基层法院一年内都碰不到一个案件，因此，无论是作为公诉人的检察官还是作为审判案件的法官，对此类案件都比较生疏，办理商业秘密犯罪案件，难免不得要领；另一方面，商业秘密犯罪案件中涉及很多专业性极强的问题，由基层法院来审理，无论是从法官素质的角度，还是从慎重对待案件当事人的角度，都是不适宜的。此外，司法不独立在基层司法机关表现尤甚，刑事程序的发动往往具有随意性，使得刑事司法成了地方保护主义的“有力武器”。因此，无论是从保证案件质量的角度，还是从避免地方保护主义的角度，由中级人民法院来管辖商业秘密刑事案件都更为适宜。
（三）商业秘密的刑民交叉问题
首先，高业秘密的法律保护应当加强，但不能实行“刑事优先”。对商业秘密加强保护是必要的，也是必然的趋势。但是，无论是从我国的现实国情来看，还是从刑法本身的性质而言，都应当切忌搞“刑事优先”。侵权未必就构成犯罪，是否需要通过刑法来调整，应当慎重考虑。从民事侵权到刑事犯罪之间，确实存在一条界限，这条界限的划定与国情及刑法功能有关。保护商业秘密权利人的合法权益是必要的，但是滥用刑法、任意入罪，有悖于刑法的保障机能。
在商业秘密的法律保护方面，应当坚持“先民后刑”的司法理念，应当始终坚持刑法的补充性原则，摒弃刑法第一性的错误观念与做法。司法实践中之所以“刑事优先”屡禁不止，一方面是传统的泛刑主义思想作祟，动辄进行刑法打击，视刑法为万能的灵丹妙药；另一方面，也反映了司法对地方行政的依附性，司法不独立，为了维护地方经济利益，轻易动用刑法手段打击竞争对手。打击犯罪是为了保障社会、维护公平竞争的市场秩序，但如果轻易动用刑法工具，很可能使刑法异化为不公平竞争的工具，这对社会主义市场经济的健康发展是极为不利的。
商业秘密犯罪案件在诉讼形式上属于相对自诉案件，通常情况下只能由被害人通过自诉途径维护自己的合法权益，只有造成国家利益重大损失的，才能成为公诉案件。实践中大量的商业秘密犯罪案件也都是作为自诉案件来处理的，这主要是考虑到商业秘密刑事案件一般是基于合同争议、民事侵权而引发的纠纷，而且这类案件通常在民事方面的争议很大，在很多方面存在模糊点。
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——最高人民法院副院长奚晓明