《一条鲇鱼》分为三个部分：第一部分“融合与碰撞”，从社会发展理论形成与发展的历史及其在中国的现代化过程中所发挥的作用，对社会发展理论予以梳理和分析。第二部分“探索与实践”，自1840年鸦片战争爆发至今，社会发展理论在中国的传播已经有了160多年的历史，鸦片战争失败之后，中国对现代化的探索与实践从来也没有中断过。五四运动之后中国的现代化是在两条道路、两种命运、两种前途的冲突与斗争中发展和前进的，最终以新中国的成立作为转折，走上了社会主义发展道路。第三部分“突破与发展”，中国改革开放30年中，已经形成了许多独特的经验，《一条鲇鱼》通过对国家与农村社会、市场化背景下的农村干群关系、农村现代化路径的多样性选择等方面的分析，试图对改革开放30年来中国的现代化的经验与教训做一些粗浅的探讨；同时以中国改革的实践经验，对西方社会发展理论及经过多年的探索和实践形成的中国本土的发展理论予以讨论和剖析。
    无论是改革开放前长达30余年的“以农补工，以乡补城”，还是持续了20余年的“村村点火，户户冒烟”的分散式农村工业化模式，都没有真正解决中国农村的“整体”现代化问题。其症结在于，所有的路径设计都是以维系乃至强化“城乡二元结构”为前提的。要实现中国农村的全面现代化就必须以“城乡一体化”、“城乡协调发展”作为现代化的基本目标和出发点；此外，决不能不顾及主、客观条件，再搞“一刀切”了，全国有70多万个村庄，具体情况千差万别，必须实事求是，因地制宜，走多样化的发展道路。