回顾东西方文化的发展，科学与人文的矛盾一直都存在于其中，并在充满竞争与挑战的、强调知识经济的今天表现得尤为强烈。为了解决这对矛盾，促进人的全面而和谐的发展，我国高等教育必须深入探讨科学与人文融合的问题。
《科学、人文及其融合》认为科学与人文的融合必须切实立足于文化与教育领域。从文化上看，我们有必要从我国特定的历史文化背景来理解科学与人文这对矛盾。科学与人文矛盾冲突的产生不仅仅是由于科学与人文的横向分离，更为根本的原因是科学和人文同传统文化母体的纵向割裂，使科学与人文失去了一个纵深的历史视野、一个共同的文化根基。因而，本书认为传统与现代这对矛盾在深层制约着科学与人文的融合，我们今天所要解决的首要和根本问题，就是文化的继承与创新问题。从教育上看，科学与人文的融合不仅仅是一个课程编排的问题，而应当在深入理解科学与人文关系的基础上，从战略上树立宏观教育理念，从战术上深化微观教学实践，这样才能真正有效地促进科学与人文的融合。而科学与人文融合的根本目的不在于知识本身，而在于人性自由与创造潜能的实现。
首先，本书深入到人的认识过程之中，区分了科学认识与人文认识两种认识方式，并由此来理解科学与人文之间的三个基本关系，即本质区别、一体性和统一性。其本质区别在于科学需要主客二分的实验，而人文需要主客合一的体验；其统一性在于实现人的自由和创造；其一体性在于相互转化、对立统一。进而，本书结合中国传统文化，深入理解人文认识对象、认识方法与认识功用；并深入到哲学层面，在反思基于科学认识的机械思维3-式的基础上，引出了基于人文认识的整体思维方式，分别阐发了中国传统文化体“道”的三条途径：儒家、道家与佛家。
然后，在此基础上，本书探讨了科学与人文的融合。从认识过程来看，科学与人文的融合可以分为“知”与“觉”两个方面。在“知”方面的融合是知识的创造，而在“觉”方面的融合是精神的创造。“知”与“觉”两个方面是不断互动的一体之两面，科学与人文的融合需要达成“知”与“觉”的统一。并且，为了更为具体地说明认识过程中科学与人文的融合，本书从中、西科学家中各举一例，他们分别是爱因斯坦和钱学森。从教学过程来看，教师需要通过“生活化”与“艺术化”的方式来创造问题情境，从而促进“知”与“觉”的互动，实现科学与人文的融合。而从科学教育中的智育、美育和德育三个维度来看，科学与人文的融合意味着智育与美育以及智育与德育的一体性和统一性。
在后半部分，本书的探讨从微观的教学实践进入宏观的教育理念。首先，深入西方历史文化背景之中，立足于科学与人文的矛盾，探讨了近代科学发展以来三家具有代表性的教育思想，即纽曼的自由教育思想、杜威的实用主义教育思想和赫钦斯的永恒主义教育思想，并分析了它们对科学与人文融合的教育理念的启示，以及它们之间的区别和联系。纽曼所面临的问题是传统的自由教育思想受到专业教育的挑战，因而强调了自由教育的价值，以自由教育作为科学与人文融合之基础，并以神学作为最高统帅；杜威所面临的问题是摆脱传统束缚，在民主社会中发展科学技术，因而强调了教育要立足于人的生活，以生活作为科学与人文融合之基础与统帅；而赫钦斯所面临的问题则是科技发达时代人文精神的失落，因而强调了永恒经典的学习，用以永恒经典为核心的普通教育作为科学与人文融合之基础与统帅。虽然这三家教育思想具有不同的特点，但它们之间是互补的，并始终贯彻和发展着西方文化中的自由精神。
最后，本书立足于中国传统文化的发展，从近代以来中西古今冲突的背景中深入理解当今科学与人文的矛盾，认为在科学技术飞速发展而人文传统断裂的今天，我们必须在继承与创新中弥合传统与现代的裂痕，让科学与人文从融合迈向统一。进而，立足于传统的儒家教育思想，对科学与人文融合的教育理念进行了深入阐发，并结合蔡元培先生的“五主义”教育思想作了进一步说明。儒家教育思想强调了“志于道，据于德，依于仁，游于艺”，从而下学上达，内圣外王，在高度自觉的精神境界中实现科学与人文的统一。最后，本书从“尊德性”与“道问学”两个方面论述了人文经典教育，强调了以“诚”为本，立德化人，从而培植人文土壤，延续文化命脉，孕育民族精神。
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