（1）产品抽样检验本身存在着误判的风险。由于水产品是来自单个的易变质的生物体，其样本个体的不均匀性要比机电、化工等工业产品更突出，误判的风险更难预料。
（2）大量的成品检验的费用高，周期长。等检验结果的信息反馈到管理层再决定控制措施时，往往为时已晚。
（3）检验技术即使达到了很高的水平，也不等于可“洞察一切”。对于危害物质检查的可靠性仍是相对的。检测结果符合标准规定的危害物质的限量并不能消除人们对水产品安全的疑虑。
（4）仅靠对最终产品的检验，是不能将危害消除或降低到可接受水平的。产品检验一旦发现不安全产品，还会使政府管理部门处于两难的境地。一方面，不能使不安全的产品流向市场，影响消费者食用安全；另一方面，还要考虑到渔民增收的大局。
由于传统的质量控制方法存在着以上不足，不能确保产品质量安全，因而许多国家或国际组织都在致力于研究和探索新的质量安全控制措施，一些发达国家还将新的质量安全控制措施作为贸易技术壁垒，来限制其他国家的水产品进入本国，以保护本国消费者和生产者的利益。目前，国际上控制水产品质量安全先进的和最有效的方法是，通过对从养殖水域到餐桌整个生产链进行全面分析，对可能影响最终产品质量安全的因素，制定并实施相应的质量安全控制措施，将危害消除或降低到可接收水平。2003年7月24日，农业部以第3 1号令发布了《水产养殖质量安全管理规定》，该规定对与水产养殖质量安全相关的养殖用水，养殖生产，苗种、饲料、药物使用，产品净化等做出了明确要求。无公害农产品（渔业产品）认证也把生产过程控制作为审查生产者质量安全保证能力的重要因素。根据无公害农产品管理办法和无公害农产品认证的要求，申请无公害农产品认证的生产者，必须编制质量控制措施和生产操作规程等文件并保持必要的记录。
鉴于将过程控制引入我国水产品养殖业还刚刚起步，缺乏前期的培训，加之我国水产养殖业的规模化程度不高。因此，在目前情况下，无公害农产品（渔业产品）生产者在编制质量控制措施等过程控制文件时，不一定完全按照本章描述的格式进行，只要质量控制措施涵盖养殖环境、苗种、投入品控制、捕捞到终产品运输销售整个生产过程的各个环节即可。但鼓励有条件的生产者按本章的要求进行过程控制，逐步与国际接轨。
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