福建船政局经历了辉煌的发展历程，但后来衰落下来。1884年中法战争中，福州船政局遭法军严重破坏。1894年中日甲午战争，北洋水师几乎全军覆没。船政局的庞大造船计划遂成泡影。进人20世纪后，船政局仍是一蹶不振。据《闽海关十年报告（1902—1911年）》载：“这时期的最后几年，除了对一些船只进行各种各样的修理外，再没有做什么事情，而且，由于经费不足，这些船只的修理还时常中止。”
福建船政局走向衰败，原因有多方面。有人认为由官办企业封建性产生的资金不足与大工业生产的矛盾，使船政局的生产缺乏内在动力。当时存在向资本主义经营的转变，但船政局并没有像江南造船所那样彻底完成这样的转变。也有人认为根本原因不在官办，因为船政局创办的目的就在于求强，先天就是一个亏本的企业，不存在盈利不盈利的问题，是西太后把海军经费移建颐和园，使马尾造船厂由于缺乏资金，无法更进一步。还有人认为是管理者方面的原因。但还有一个重要因素值得注意，福建船政局不是附属于一个城市（福州）或一个港口（马尾）的地方企业。它的原料和市场都不在福州。作为中央政府兴办的军事工业，它的命运和政府政策紧紧联系在一起。当中央政府失去对这个企业的兴趣，不再以重金支持，而地方政府又把它视为包袱，加上企业在自身转轨或转为面对市场的民用生产并不成功的情况下，自然只能是日渐衰微。
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