以上2．2）要件乃“刑法”所明列（§21Ⅱ但），因此产生了到底下级公务员对于命令违法应采形式审查还是实质审查的争论。首先，命令违法有形式违法与实质违法之分，前者如命令根本欠缺法定程式，后者如命令实质内容违反比例原则。下级公务员对于上级命令应为何种审查的问题，陷于两难：一方面，为了行政组织、权限分级及效率目的之考量，下级公务员对于形式要件完备的命令，应即推定其合法性而予以服从并执行，否则下级实质审查上级，难免上下权责紊乱（形式审查说）。然而，另一方面，既然公务员需“非明知命令违法”始能阻却违法，而违法概念又包含（尤其是重大、明显的）实质违法在内，因此，似乎必须容许、乃至于要求公务员对于命令是否实质违法（诸如是否已超过上级权限范围或权限滥用等）的审查，才能自圆其说（实质审查说）。
以上形式或实质审查说只是理解这个问题的两种“原型”而已，通说采行的其实是一种混合了主观认知的折中立场：即原则上仅需为形式审查，但若下级公务员明知命令实质违法时，则不能阻却违法。但这会导致下级公务员无所适从的矛盾：既不能进行实质违法的审查，但又需承担其不利益。
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