2.污染越界转移
区域经济一体化意味着资本、劳动力和生产要素在区域内的自由流通，带来经济便捷的同时，也会导致经济增长副产品的流动加速——资源输出和污染越界转移。区域经济合作的前提条件之一是区域内地区之间的差异性，从而促成“异质性”合作的可能，即区域内各地区之间由于区位、资源、劳力、经济发展水平等不同而实现互补。区域经济合作为相对落后地区带来的一大实惠是政府通过招商引资，以当地资源、劳动力优势，吸引发达地区的充足资金、先进生产技术以及管理方式等，拉动本地区经济发展，因此，区域经济一体化本是经济相对落后地区扩大开放程度，加快经济发展的有效手段。可是在实际运行中，由于在区域经济一体化初期，一体化程度还只体现在经济领域基层自觉合作的初级阶段，受企业自身利益的驱动，或者存在企业和政府之间的利益分配——寻租设租现象，有些地方政府或企业急于求成，降低准入条件，片面以经济效益为主要指标可能会导致造成环境污染的企业的转移。同时，由于发达地区环境保护制度日益完善，治污力度进一步加大，使企业的生产成本加大，部分制造污染的企业可能在相对落后地区招商引资不规范的时期寻找到机会。
3.环境公平缺失
区域经济一体化初期带来新的环境公平问题，主要体现在以下三个层次。
第一，城市和农村的环境公平缺失现象。长期以来城市环境的改善是以牺牲或忽视农村环境为代价，环渤海地区（其实这也是我国的普遍问题）污染防治投资几乎全部投到工业和城市。以北京市环境保护投资的统计为例，近五年来，北京市环保投资总量增长很快，1998年为49.3亿元，2002年达到135.2亿元。从1999年开始，北京市环保投资占GDP的比例均高于4％。投资包括新建项目防治污染投资、老企业工业污染治理投资和城市环境基础设施建设的投资三个方面，这均不包括对农村的投入。城区通过污水截流改善了水质，忽略了农村水质；城市通过调整工业和能源结构改善了城区空气质量，但加重了近郊的空气污染；生活垃圾通过简单填埋，改善了城区面貌，而城乡结合部的垃圾二次污染加重了。村镇布局不合理，村庄建设中乱占耕地、违规建房现象普遍，绿化、环卫的设施基本空白，城乡差别在进一步拉大。
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