1.程序的启动条件和方式
《国家药品审评专家管理办法》第12条规定：“国家药品监督管理局药品审评会议由药品审评中心根据审评工作需要，在每次审评会议前从国家药品审评专家库中随机遴选出部分专家，报经药品注册司核准后召开。”这一规定将专家咨询程序的启动与否完全交给药品审评中心来把握，裁量权过大，存在恣意审批的风险。因此，建议在立法中明确，特定情况下，药品审评咨询委员会审议应当成为法定必经程序。即符合一定条件的，行政职能机构必须启动药品审评咨询委员会程序。至于何时适用则交由单行法律规范来规定或由行政机关视行政管理的需要自行决定，同时对“视需要自行决定”仍应当设置一定的标准。与听证的启动不同，咨询主要是行政主体依职权主动进行的；但在某些情况下，也应当允许药品上市申请人提出启动咨询程序的申请，从而依申请进行。
咨询会议由行政主体指定的工作人员主持。如《美国联邦咨询委员会法》规定，非经联邦政府指定工作人员的召集或事先批准，咨询委员会不得举行会议；会议应由联邦政府指定工作人员主持或参加，该被指定工作人员可以根据情况随时中止会议；咨询委员会会议不得在该联邦政府工作人员不在场时进行。这些规定进一步限制了利益集团代表左右行政机关决策的可能性。
此外，可考虑根据不同的情形和不同性质的决策对象采用不同的咨询委员会程序，以增强适应性。即对重大事项采用正式或普通程序，对简易事项应采用简易程序。由于无此规定，很可能导致审评程序的效率低下。
2.会议形式
药品审评咨询委员会作为一种合议制组织形式，以召开会议为其主要的工作方式。各国结合本国的具体实践发展了相应的会议模式和流程。①在我国，经过药品审评中心多次的药品审评机制改革，如果不考虑其他因素，至少在会议时间和会议议程的安排上实现了比较合理的设置。为提高会议质量，药品审评中心不断调整完善一系列管理规定，比较明显的是会议时间和议程的调整。会议时间由原来每个品种半天调整为现在的一天，以便与会人员对有关品种拟讨论的问题进行较充分的交流和讨论。会议议程由原来的一段式调整为现在的审阅资料、预备会议及正式会议三个阶段。
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