（1）协调上级机关与自治机关关系
在协调上级机关与自治机关的各种利益冲突时，应做到以下两点：一方面，下级机关要与上级形成良好的沟通机制。既要服从上级国家机关领导，又要立足于民族自治地方实际，敢于向上级政府提出意见。另一方面，上级国家机关在制定公共政策时，应当正视民族自治地方的特殊性，灵活运用公共政策的多样性，既不搞“一刀切”，也不向下侵权。
（2）理顺同级党委与自治机关关系
在贯彻实行民族区域自治制度过程中，要调解好同级党委与自治机关的关系。党委承担方向性的引导工作；自治机关承担具体执行工作，主抓民族自治地方的建设与发展。一方面，注重党政分开，摒弃全能政党，侧重从思想、政策、路线与行为层面，对贯彻党的路线方针政策及经济社会发展某个时期某项工作任务，从总体上作出政治性、方向性、原则性的决定，为自治机关贯彻执行指明方向。注重依法行政，按规则办事，以党内文件的形式出台决策，加强党组织和党员的约束力；以党的纪律为后盾，保证其贯彻执行；以党外号召的方式引导社会舆论。另一方面，自治机关要坚持党委领导、坚持依法办事。在同级党委领导下，自治机关在管理本地区民族事务时，不能以党委的决策代替同级人大的决定，要注重把党委的主张同人民和国家的意志统一起来，通过制定颁布自治条例的方式发布决定，形成普遍的强制约束力。
（3）解决民族自治地方内部问题
处理好民族自治地方内部问题是保障民族自治地方稳定，维护国家安定团结的重要前提。为此，要建立有效的民族自治地方内部问题处理机制，一方面，要建设高效廉洁的现代政府、权责对称的自治机关。民族自治地方政府在行使自治权时应广泛了解民众疾苦、诉求，真心倾听群众心声，建立畅通的民意表达机制，形成良好的互动机制，实现国家利益与公民利益的均衡。另一方面，完善民族自治地方人民代表大会议事规程，加强人民代表大会及其常委会的职权，建议尝试开展人大领导与党委领导的交叉任职试点。这种试点可使人大由外在领导转为内生领导。这种试点既有助于保证人大至高无上的权威，防止党委架空自治机关自治权问题，也可在某种程度上限制党委在自治机关中的自主权，防止过度自治导致的地方分治。
3）建立相应的监督机制
健全监督机制的重要性在于保证民族区域自治制度权利行驶在正确的轨道上。只有建立完善的监督机制，才能真正实现民族自治地方的自治权。
（1）权力机关监督
权力机关的监督主要指全国人大常委会的监督和省级人大常委会的监督。
作为最高国家权力机关的常设机关，全国人大常委会的监督权具有权威性和广泛性，其对民族自治地方的监督职责主要体现在对民族区域自治有关法律法规的合宪性监督与合法性监督，其主要内容包括：民族自治地方的自治条例和单行条例要报全国人大会常委会批准后才能生效；民族自治州、民族自治县的自治条例和单行条例要报全国人大会常委会备案；全国人大常委会有权撤销由省级人大常委会批准的违反宪法规定的自治条例和单行条例。
作为最高地方国家权力机关的常设机构，省级人大常委会享有的监督权限较大，主要内容包括：民族自治州、民族自治县的人大制定的自治条例和单行条例要报省或者自治区的人大常委会批准后生效。
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