东南亚条约组织的内部关系也是令美国头痛的问题。在很多场合，美国实际上是把东南亚条约组织当成一个工具，用来团结或者说是控制它在亚太地区的盟友。新西兰就是一个例子。在大选中，以沃尔特·纳什为首的工党提出了类似于中立主义的执政纲领，并要求考虑承认中国共产党政权的可行性。在1958年的东南亚条约组织部长理事会上，已经是新西兰首相的沃尔特·纳什再次表达了他的新潮观点。他说，“共产主义中国作为一个大国崛起，是东南亚条约组织建立的原因。东南亚条约组织在对抗中国军事威胁方面富有成效。然而，中国崛起带来了敏感的承认问题，这个问题我们迟早要面对。新西兰知道承认中国政府将带来严重后果，因而会谨慎从事。但是我们不能逃避这一事实，即在可预见的将来，北京政府将对中国大陆实施有效的控制。而且，中国对亚太事务的影响力将与日俱增。没有共产主义中国的参加，远东地区很多突出问题都不可能得到解决。东南亚条约组织成员必须表现出灵活性，这样就会缓和目前的紧张状态”。美国对新西兰的观点极为敏感，于是动用各种资源，在会内会外极力打消纳什政府承认新中国的念头，并力促新西兰政府回到美国的遏制战略轨道上来。最后，在美国苦口婆心地劝说下，纳什终于表示同意美国的观点，放弃承认新中国的计划。对于这件事情，杜勒斯后来评论道：“由纳什代表的新西兰新政府在对外政策上与东南亚条约组织各成员达成了一致，在这个意义上说，我们拥有了一个新成员。”
另外，这一时期东南亚条约组织的西方成员对其亚洲同伴的不信任也为该组织最终走向分裂埋下伏笔。这种不信任可从曼谷会议期间杜勒斯发往国务院的一封电报中生动地反映出来。
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