住房和城乡建设部承担建立科学规范的工程建设标准体系职责，组织制定工程建设实施阶段的国家标准，制定和发布工程建设全国统一定额和行业标准，拟定建设项目可行性研究评价方法、经济参数、建设标准和工程造价的管理制度，拟定公共服务设施建设标准并监督执行，指导监督各类工程建设标准定额的实施和工程造价计价，组织发布工程造价信息。同时，住房和城乡建设部还有指导城市地铁、轨道交通的规划和建设等相关职能。
城市轨道交通建设规划需要上报中央审批，由国家发展改革委会同住房与城乡建设部组织审核后报国务院审批。
地方政府有关部门在城市轨道交通相应环节履行应有职责。根据国内多数城市的经验，地方政府职责一般包括如下内容。①依据《城市总体规划》和《综合交通规划》完成专项的《城市轨道交通线网规划》，需通过地方主管部门组织的全国专家评审，由地方政府批准。②依据《城市轨道交通线网规划》编制《城市轨道交通建设规划》，对近期将要实施建设项目进行规划研究。在行政层面上需经国家发展改革委会同住房和城乡建设部审核后报国务院审批；国家发展改革委在技术层面上组织具有相应资质的咨询公司对规划方案进行评估，住房和城乡建设部委托省建设厅组织评审。③对《城市轨道交通建设规划》中确定的项目进行工程可行性研究，编制工程可行性研究报告并上报国家发展改革委，国家发展改革委委托有相应资质的咨询公司进行评估后，由国家发展改革委批复项目可行性报告。
2008年进行大部制改革后，交通运输部新增了对城市客运、地铁运营、出租车运营、物流行业管理的职能，城市地铁、轨道交通的运营管理应接受交通运输部的指导。另外，一些专业性的社会组织也在城市轨道交通领域发挥特定的作用。如2000年8月，中国交通运输协会城市轨道交通专业委员会在北京成立。该委员会由城市轨道交通的相关单位和专家组成，现有团体会员单位39个。该委员会宗旨是：在政府有关部门领导支持下，研究我国城市轨道交通领域政策、技术、经济等问题，积极推动城市轨道交通车辆、设备国产化，探讨我国城市轨道交通发展道路，为政府部门制定政策和宏观协调服务，为建设、运营、科研设计和生产等提供服务。
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