三轮与藏有什么相同又有什么差异呢？它们的共同点是：二藏只是大小二乘，三轮不外乎根本、枝末二种法轮，大乘是根本，小乘是枝末，所以这一点三轮与二藏是一致的。它们的差别在于：二藏是从横向来判别，三轮是从纵向来判摄。二藏横判是指无论时间地点，也不管前后次序，凡是释迦世尊一生所说的小乘法，结集在一起，即是声闻藏；凡是释迦世尊一生所讲的大乘经典，结集在一起，就是菩萨藏，二藏超越时空，称为横判。三轮纵判是指释迦如来最初成道于寂灭道场，纯粹为法身菩萨众，讲说《华严经》大教，称为根本法轮，然后到鹿野苑为五比丘说四谛法，如《阿含经》等，是枝末法轮。从此以后，世尊四十多年，为适应各种层次的众生分别演说五乘，最后在《法华经》会上，总结几十年来的说法归于一佛乘，为摄末归本法轮。这是从时间顺序来说的，所以叫纵判（又叫竖判）。另外佛对声闻人说的是生灭法门，对菩萨说的是无生法门，从生灭教与无生灭教而分为二藏，可以说是从法义上来判的，三轮是从释迦世尊一生说法先后程序而言，可以说是从化仪门来判的。或者有人会问大乘不仅仅只谈无生，还说有更高的无量和无作，为什么只说无生呢？三论宗依《般若经》、《胜墼经》的意思，认为无生、无量和无作，其实是平等的，没有高低之分，说一即三。所以《胜鬓经》中说：“说无作圣谛义者是说无量四圣谛义。”《大品般若经》里说：“无作故无生。”无生是四圣谛的“体”，法体无生；无量是说四圣谛的“相”。
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