经过人力资源的重新整合，上海文学研究所于1961年秋天正式成立。郭绍虞任所长，叶以群、孔罗荪任副所长，王道乾任学术秘书；下设文艺理论、现代文学、古典文学和民间文学四个组，李子云也从宣传部调往文研所，任现代文学组副组长（组长由孔罗荪挂名）。文研所刚组建时，承担的大型的长远的研究项目不多，主要任务是阅读全国报刊，特别是华东地区的报刊，对报刊上的文艺作品进行分析，研究创作态势，关注思想动向，定期向上级有关单位汇报，起文艺哨兵的作用，供决策者参考，研究人员也可根据个人阅读心得，或赞扬，或批评，有的放矢写点文章。不久，我也调到那里，分在现代文学组，算是李子云的麾下。虽是同事，接触却不多。她给我的印象是：职务不高，却长期在上级机关工作，经历过大事情，见过大世面，人脉广、见识多，能量也就特别大。文研所里年轻人多，不少是刚出校门的大学毕业生，思想比较单纯，也常有片面性，有时为了一些问题往往各执一词争得面红耳赤：李子云不属于“有城府”的人，但毕竟有些阅历，看问题就比较全面，说话时往往点到为止，决不锋芒毕露.更不像有些人那样咄咄逼人，好像永远“占有真理”似的。经济调整时期，有个时候社会生活比较宽松，思想文化界也比较活跃，八届十中全会之后，强调“千万不要忘记阶级斗争”，形势趋紧，人们又噤若寒蝉。如何看待196l、1962乃至1963年的创作和文学现象，文研所讨论时常有不同的看法。比如：许多1957年被打成右派的作家这时纷纷摘帽.又纷纷发表作品。这样做是为了落实政策调动他们的积极性，还是反映了一种“阶级斗争的新动向”？欧阳山的《乡下奇人》、西戎的《老好干部》、张庆田的《“老坚决”外传》那样歌颂脚踏实地、真抓实干、不浮夸不吹牛的农村干部，是呼唤党的实事求传统还是诋毁“三面红旗”？像西戎笔下的赖大嫂那样的“中间人物”是否可以作为作品的主角？结尾时可否不写他们的转变？
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——徐中玉
别了，子云，愿你的精神永在！
——钱谷融
天地间孕育一个你这样的人，需要多少灵秀之气！要消逝竟这样容易。子云，我们会再见，在消逝中再见。
——宗璞
李子云经历了多年风雨，经历了世事沧桑，让她既洞悉了某些人心灵的脆弱和萎缩，也看透了某些人心灵的卑鄙和肮脏。她用手中的笔，为净化人的心灵这个崇高而神圣的境界，孜孜不倦地追求了一生，为我们带来多少真，善、美！
——袁鹰
李子云用自己的一生证明，不管在什么时空里，不管遭遇到什么，只要自己坚强、努力，生命的尊严是可以保住，并且放射出光彩的。
——刘心武
与李老师交往，亲密并不无间、轻松而拒绝轻薄，有类似亲情般的温暖，又有超越亲情的从容宽广。
——竹林