于是，除中国银行和交通银行之外的“二行二局一库”以及官僚资本的省、县银行在接管之后停业清理，没收全部财产，并利用其机构建立中国人民银行的分支机构或专业机构。中国银行和交通银行经过改组之后均采用总管理处、分行、支行三级制（人民银行为总行、区行、分行、支行四级制），总管理处下属的行处受本行总管理处和当地人民银行的双重领导。中国银行之分支机构受总管理处垂直领导：①外汇基金之调拨；②业务计划资金之统一掌握；③外汇牌价之制订；④主要干部之任免。其他业务及行政工作均受当地人民银行领导。原为国民党政府“国际汇兑银行”的中国银行改组为在中国人民银行领导下经营外汇业务的专业银行，于1949年6月6日复业。原来名义上“发展全国实业之银行”的交通银行改组为在中国人民银行领导下经营工矿交通事业的长期信用银行，于1949年11月1日复业。1949年12月和1950年1月，中国银行总管理处和交通银行总管理处分别迁到北京。1950年3月，第一届全国金融会议关于调整机构的决定确定：各地中国银行改为各地人民银行的内部组成部门，由当地行负责领导，对外只保持中国银行系统名义①。
1952年，随着国民经济恢复任务基本完成，同时，对私营金融业的社会主义改造基本完成，为迎接大规模经济建设，国家金融体系发生了以下一些变化：中国银行与中国人民银行的国外业务局合署办公，交通银行（和中国人民保险公司）划归财政部领导。精简撤销了刚刚于前一年成立的农业合作银行，成立了全行业公私合营银行总管理处，它实际上成为国家经营管理私营工商业存贷款业务的专业银行。
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