在中外文化交流方面发挥重要作用的杭州佛寺，当然不止径山一处。由于南宋时杭州作为全国的佛教中心，许多名山名刹云集了不少著名高僧，所以人宋学法的日本僧人，大多慕名而来杭州参学问道，到过杭州的不少寺院，留下了不少佳话。如曾住杭州净慈寺与宁波天童寺的长翁如净禅师，将曹洞宗禅法付于日僧永平道元，成为日本曹洞宗的祖师；后来被封为“法灯国师”的日僧心地觉心，离开径山后到黄龙洞护国仁王寺参谒无门慧开禅师而开悟得法，还向张参居士学会了尺八的吹奏法，返日时将尺八技艺带回东瀛，使之成为日本的民族乐器，这是中日音乐艺术交流史上的一段佳话。南宋时杭州佛教与日本佛教的密切交往，不仅是中日佛教交流史上的盛事，也是中日文化交流史上的一个亮点，是中国传统文化影响一衣带水的邻邦的一个重要管道。
在儒释道三教关系的处理上，尽管南宋诸帝在具体做法上有所差异，但总体上说，南宋基本上还是沿袭北宋时的路线。而在三教会通方面，宋孝宗的思想是最有代表性的。宋孝宗撰有《原道论》，论证并倡导“三教合一”，他认为三教的基本思想是一致的，明确提出“以佛修心，以道养生，以儒治世”的观点。这使早已形成的三教各有特长、分工互补的传统文化格局，通过帝王之权威，得到更进一步阐释与强调。宋孝宗对三教关系的论述，自然适用于都城杭州，而且杭州还是据此处理三教关系的一个样板。
杭州佛教经过两宋前后三百多年的发展，“东南佛国”的地位得到更进一步的巩固和彰显，内涵也更加丰富充实。不仅精英佛教在杭州成就显著，而且普世性的平民佛教，在高僧名士等精英指导与影响下，也有广泛的展开。“处处风送白莲香”，念佛风气广泛普及于民间；慈悲为怀的放生护生善举流行于民间，西湖亦成为天然的放生池；④佛教的有些佛事活动，也逐步演化为民间习俗。
进入元代，杭州失去首都的重要地位，元代统治者又特别推崇喇嘛教，杭州佛教在全国的地位因之而明显下降。但元代在宗教政策上，总体比较宽松，汉传佛教依然受到朝廷的尊重。因此，元代的杭州佛教，一方面增添了藏传佛教的若干色彩，飞来峰的密教造像（至今基本保存）等，正是这方面的重要历史见证；另一方面尽管南宋皇城遗址一带遭到严重破坏，也殃及汉传佛教的寺院，但元代杭州的汉传佛教还是有一些亮点，如出家于净慈，曾住持云居山圣水寺、西天目山狮子院的元代最有影响的大禅师中峰明本，颇受元代朝廷的重视，先后两次获得皇上赐号（“智觉禅师”与“普应国师”），世称中峰国师，有“江南古佛”之誉，他继承发扬永明延寿以来融合佛教诸宗，融通释道儒三教，禅净兼行，在中国佛教发展史上有重要地位。元初著名书画大家赵孟频乃倾心仰服并皈依中峰明本的大居士，他为杭州留下了许多墨宝，包括给杭州的寺院题额、书匾、作画与撰题楹联等，使杭州的佛教圣地大为增色。
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