2.2多肽抗原<br> 多肽无疑是生产抗原的最快方式，可用于免疫接种来制备抗体。许多机构和公司发现保持核心多肽合成的能力经济有效。如果不具备多肽合成能力，一些商业公司提供多肽合成定制服务。这种方法可靠、经济，可在几周之内提供高质量的多肽，其数量足以用于免疫接种。对于典型的多肽免疫原，大约500美元可以买到10mg含15个氨基酸并且纯度>80％的多肽（circa 2005），这些多肽足够免疫几个动物来得到抗体，并用酶联免疫吸附试验进行抗体筛选。<br> 多肽可以特别有效地提高抗体对抗原某区域的特异性，如新的结构域或同源性最低的区域。当抗原没有其他来源的时候，也可使用多肽。许多情况下，重组蛋白因为不能被表达和纯化而不能作为抗原的来源。对于大分子跨膜蛋白，如G蛋白偶联受体（在制药领域重要的分子家族）来说这是经常发生的，对应胞外结构域蛋白环状结构的短肽已被证明是可行的免疫原，可以产生针对这些复杂分子的抗体。<br> 由6个氨基酸组成的肽可以用来制备抗血清，由10～12个氨基酸残基组成的多肽通常有更高的免疫原性[2]。一个较短的抗原表位的例子是Flag标签，其在蛋白质纯化、鉴定和功能分析领域被广泛使用。这是一个八肽序列（DYKDDDDK），其单克隆抗体和多克隆抗体很容易买到。我们发现由12～15个氨基酸组成的多肽在多数情况下都是非常好的免疫原。由30～35个氨基酸组成的较长多肽，虽然本身化学合成受限，但也是非常好的免疫原，其优点是可能会形成相关的二级结构。多肽免疫原使用受限是因为其线性表位序列短，在一个完整的蛋白质抗原中不易被识别。因而由多肽产生的抗体趋向于识别线性表位，总的来说，在免疫印迹实验和其他识别变性蛋白的抗体实验中效果非常好。然而，由多肽产生的抗体通常不能识别蛋白质构象，因此不太可能和天然分子反应。这样的抗体往往没有功能，不能用于流式细胞仪。但是应该指出的是，在有些情况下多肽免疫原确实能够生成能识别天然蛋白质的抗体。例如，当蛋白质抗原的线性表位没有被其三级结构所掩盖的时候。
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