三、重要基因的图位克隆
图位克隆的工作有两部分:第一部分主要聚焦在连锁图谱和重要性状位点(包括质量性状和数量性状位点)在连锁图谱上的定位;第二部分内容则聚焦在由连锁图谱上特定标记界定的基因组区段内的基因或功能序列的挖掘和识别上。在没有物理图谱时,人们常常使用BAC:文库等大片段插入文库钓取含特定分子标记的阳性克隆,随后采用测序的办法获取重要基因,然而BAC等覆盖的区域毕竟有限,常常无法获取特定区段内的全部遗传信息,不得不采用克隆步移(Walking)的办法由阳性。
BAC克隆的末端序列钓取相邻的BAC克隆并组成重叠群,最后获取对应于连锁图谱特定图位区域的BAC重叠群,在对这一重叠群测序后即可获取该区段的基因信息。这部分工作在物理图谱构建完成后,尤其是完成物理图谱和连锁图谱的整合后就会变得极为简单,可以对大量功能区段进行全重叠群测序,以全面解析与重要性状相关的功能基因。如虹鳟的胚胎发育速度QTL和生长速度QTL均被定位在第8号连锁群一段很短的区域上,为了彻底解析该区域内生长相关性状主效基因,普渡大学Nichols等对覆盖该区域的物理图谱重叠群中的BAC克隆采用罗氏454测序平台进行了高通量鸟枪法测序。总之,物理图谱可以极大简化图位克隆的操作流程,缩短解析特定性状相关基因的时间,提高效率。
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