《本草真诠》成书于明万历三十年（1602）。作者认为习医不可粗知药物温热寒凉、主治反毒，亦不可妄投奇方怪药，应当熟谙制方之宜及阴阳、运气、经络、脉因证治之理。于是取《证类本草》、《本草集要》、《本草蒙筌》等书，搜其要旨，悉心编排，匠心独运，以运气、经络理论等统摄本草，而成《本草真诠》。

新刊官板本草真诠卷之上
一集
十于纪运之图
阳年太过主胜客负图  阴年不及主负客胜图
地支六气之图
子午年司天客气加主气图
丑未年司天客气加主气图
寅申年司天客气加主气图
卯酉年司天客气加主气图
辰戌年司天客气加主气图
巳亥年司天客气加主气图
六十年五运六气加临之图
运气加临脉候寸尺不应之图
五运六气主病加临转移之图
木运
火运
土运
金运
水运
六气

二集
手太阴肺经
手阳明大肠经
足阳明胃经
足太阴脾经
手少阴心经
手太阳小肠经
足太阳膀胱经
足少阴肾经
手厥阴心包络
手少阳三焦经
足少阳胆经
足厥阴肝经

三集
治风门
行气开表药（凡二十四种）
祛风化痰药（凡十六种）
清热润燥药（凡二十五种）
主治各经风药
治热门
治上焦热药（凡十六种）
治中焦热药（凡二十种）
治下焦热药（凡十九种）
……

新刊官板本草真诠卷之下
题《本草真诠》跋