第二，正式侦查阶段。案件一旦进入正式侦查阶段，预审法官就成为侦查工作的主要负责人，检察官、司法警察都必须听从预审法官的调遣和指挥。预审法官在向司法警察、检察官以及犯罪嫌疑人了解案件现有情况后，还必须对犯罪嫌疑人进行审讯，审讯内容都记录在案。预审法官根据初步侦查中的线索、材料，认为需要还从哪些方面进行进一步的侦查，可以向司法警察发出委托调查令，授权他们对特定问题开展深入的侦查活动。预审法官在认为案情已经查明时，就可以自行决定结束预审，并提出预审裁定意见，即：是否构成犯罪，罪行的轻重等。预审结束后，预审法官应当将全部案卷送交检察官，检察官在接到案卷后3日内向预审法官提出自己的主张。这种主张包括三种情况：要求继续侦查；建议终止诉讼；同意提起公诉。当检察官提出的疑问都得到解决时，案卷即被移送“起诉议事会”；经过预审法官的再次审查，认为没有问题时，结束侦查活动，案件进入起诉和审判阶段。
由于预审法官的活动具有很强的追诉色彩，其虽然被称为法官但对侦查权司法审查的性质大大削弱。预审法官主持的预审仍然保持了控、辩、审三方对抗的基本模式，所以还是一种对侦查的制约和控制。法国检察官、受审查人、民事当事人认力侦查行为违反法律时，可以向上诉法院刑事审查庭上诉，从而实现了对侦查权的监督和制约；犯罪嫌疑人对刑事审查庭的裁定不服的甚至可以上诉到最高法院。另外，法国与德国、比利时、丹麦、希腊、荷兰、瑞士、英国等国家一样，均属于《欧洲人权公约》的成员国，该公约承认个人请求权，因此公约任何一国的公民个人对于本国政府（当然包括警察机关）侵犯人权的行为，可以向欧洲人权法院申诉。
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