但是，至于实质主义的罪刑法定原则，情况则又很不一样了。实质主义罪刑法定原则就是关注刑法内容的妥当性。它包括两个方面的内容：一是刑罚法规的明确性原则；二是刑罚法规内容适正的原则。前者要求刑罚法规的内容不能含混，而必须具体、明确；后者要求刑罚法规只能将具有合理处罚根据的行为作为处罚对象，而且必须规定与犯罪的轻重相均衡的刑罚。刑罚法规内容适正的原则实际上包含两个方面的要求：一是禁止处罚不当罚的行为；二是禁止残虐的、不均衡的刑罚。同时，根据马克昌教授的观点，刑罚法规内容适正的原则只谈到刑罚而未涉及犯罪规定，有失片面，故应以刑法实体内容的适当性原则替代刑罚法规内容适正的原则。刑法实体内容的适当性包括：犯罪规定的适当，刑罚规定的适当。而刑罚规定的适当又可分为残酷刑罚的禁止和罪刑的均衡。这样可以避免原先标题的片面性。总之，形式主义的罪刑法定原则属于形式性的要求，而实质主义罪刑法定原则则属于对刑法内容的要求。只要稍加比较，我们就可以发现，实质主义的罪刑法定原则的内涵明显超出了“实在的罪刑法定原则”，属于对后者的理论延伸与发展，因此我们认为它是对“实在的罪刑法定原则”的理论化或者说属于“理论的罪刑法定原则”。
按照刑法学界的论述，实质主义的罪刑法定原则是基于形式主义的罪刑法定原则的不足而发展起来的。由于形式的罪刑法定原则和形式法治没有对立法者和刑法本身提出要求，司法中可能导致“恶法之治”。基于第二次世界大战以后对实质法治的强调，自20世纪50年代开始，人们对罪刑法定原则的思想基础的认识发生了改变。形式主义的罪刑法定原则注重对个人自由的保护而忽视了对社会利益的保护，同时它无法具备针对犯罪增加的新情况展开有效的社会防范政策。针对形式主义罪刑法定原则的缺陷，刑法学界对罪刑法定原则从法的实质方面提出了要求，赋予了它新的内容。实质的罪刑法定原则从根本而上来说，就是要求该原则中的“法”是具有社会正当性的法，是符合正义观念的良法。可以说，实质主义的罪刑法定原则是刑法学界根据新形势和新观念而对形式主义罪刑法定原则进行“新解读”的结果。按照韩国刑法学者李在祥先生的观点，“将罪刑法定主义理解为法治国家原理的衍生原理时，罪刑法定主义则会具有新的内容。因为法治国家原理需要形式性法治国家原理应依照实际的法治国家原理的要求，其内容应与实际的正义相符合”。一言以蔽之，“实质主义的罪刑法定原则是基于实质法治的理论考察”，是对“实在的罪刑法定原则”的理论化。
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