一是在实体和程序的关系上，要做到程序更加的公正、周密和严谨。程序公正、程序正义是法治的应有之义，也是现代法律制度的重要标志。随着《证券法》、《公司法》及其配套法规体系的完善，我国证券市场实体上的公正不断完善，但还不同程度地存在重实体、轻程序的问题。修订和完善《证券法》应当在坚持实体公正的同时贯彻程序公正的理念，在行政执法方面，进一步严格执法程序的要求；在自律管理方面，进一步强化自律管理的机制建设；在投资者保护方面，拓展完善证券投资保护基金对投资者的保护范围和保护方式，实现刑事处罚和民事救济的有效结合。
二是在法律和规则的关系上，要进一步确立和强化规则的法律效力。在证券市场上法律和交易所依法制定的规则相辅相成，法律是制定业务规则的依据，也是广义上证券市场法律体系的有机组成部分，修订和完善《证券法》应当进一步确立和强化业务规则的法律效力，对一些暂不宜在法律中规定的事项可考虑先由业务规则作出规定，在条件成熟时再上升为法律，完善业务规则的审批制度，更好地满足市场一线监管机制。
三是在分业经营和综合经营的关系上，要为证券经营机构的综合化、差异化发展提供环境。证券经营机构是资本市场的重要组成部分，经过20年的发展其本身具有较强的经营能力和抗风险能力，具备了一定的综合经营的条件。目前，我国金融领域综合经营的趋势也越来越明显。证券经营机构一直在执行相对严格的分业经营，并且是在同质化高的基础上进行低层次的竞争，靠天吃饭。无论与银行、保险机构还是与境外的同行相比，整体上都不是很大，更谈不上强。修订和完善《证券法》，应当为证券经营机构综合经营给予必要的考虑，同时从证券市场的角度切实加强对综合经营的监管。
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