同时，批评《清律》有各省专例，认为专例太严。他说，各省风气不同，如江西省的械斗，往往死者数十命或达百余命。甚至有起衅原因，远伏于明代者。又刀匪盛于曹、兖、沂；哥老匪炽于川、陕；捉人勒赎，起于苗人，继及两广。“此类不堪枚举，俱有专条，特别从严，或因浸染区域较广作为通例者，皆教养之力有缺也”。①这是批评《清律》不重教养而实行严刑峻罚。
对汉文帝废除肉刑，也极为赞赏，并论述了中国的肉刑史。他说，肉刑相传少昊之前已有，然始于何时，无从考见。夏禹嗣位，自以德衰而制肉刑。其实肉刑并非创始于禹。因禹自以德不逮舜，规复肉刑，未几励行赎刑，仍调和用之。汉文帝时，才下诏废除肉刑。因此，董康对之最为称道，所谓“亘二千余年相沿之习，一旦而变易之，诚法制史上第一次之大改革也”。②
在这里，他称道汉文帝废除肉刑是中国法制史上第一次大改革。因为废除酷法肉刑，合理且深得民心。所以，肉刑之正刑，从三国经晋南北朝到隋，虽有恢复的议论，但始终没有恢复。而真正的废止，要到清末修改法律，这是董康等起草《大清新刑律》，也是他废除肉刑思想的真正实现。
“凌迟”是肉刑中的极刑，董康极为痛恨。他曾说到凌迟刑实施的几种酷法：凌迟人犯，先割两乳，次割两臂，次开膛，出其腑脏，划以三刀，最后割其首；两犯凌迟加割数刀者，于未绝之前，刮其两肋；而明代北京西四牌楼凌迟行刑，一当剐人，药肆麇集，冀得其血肉，治疗噎嗝，也所谓鱼鳞碎剐者。“相传其法，制一铁丝网之衣，紧束囚穿，令肉突出孔外。用刀削之，噗以酸醋，递削递束，至肉尽而止。”①因而，极为赞同南宋陆游对凌迟刑之痛恨，并要求废止，所谓骨肉已尽，视听犹存，“殊惨无人理”。
在这里，他反对、痛恨凌迟刑，并认为，清代的凌迟割数刀（有的说八刀法）与明代的凌迟——鱼鳞碎剐，只有五十步与一百步之差。也就是更为反对明制。
所以，清末设立修订法律馆时期，当修订法律大臣沈家本关于修订法律征求众议时，董康就建议说，自宋以后，刑制日趋严厉，若凌迟尤其残酷，今欲中外划一，须从改革刑制开始。因此，他在清末修订新律时，首先将凌迟、刺字等肉刑废除，写进《改革刑制奏稿》。结果，被清廷采纳，产生很大影响。修订法律大臣沈家本，也因清廷的采纳，就督饬法律馆同僚，依该《改革刑制奏稿》，加紧修订无肉刑的新刑律。
董康是修订法律馆总纂、提调，《新刑律草案》主要由其手定。他主张“内乱罪无纯一死刑”，这是反对清政府时期影响封建政权稳定的内乱罪，不应该一概死刑，而应分别轻重。这比过去一概死刑，是大大减轻了。而主张“未定无夫奸罪”，是无夫妇女（包括寡妇、离异妇女、未婚女子）与异性发生关系，没有列为罪条。这是无罪与轻刑的表现。但遭到了权臣与守旧者的坚决反对。这体现了，董康学习外国新法和反对严刑峻法，而主张轻刑省罚。无疑也是改革刑制的重要表现。
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