蒙古与海贼
征服南宋的蒙古人建立了包括中国和俄罗斯在内的大帝国。连接欧亚大陆东西方向的通商路在蒙古帝国时代得到大力发展。通过因马可·波罗而名声大噪的沙漠中的绿洲而进入草原的通路自不必说，海路也非常繁忙。作为游牧骑马民族的蒙古族虽然并不擅长海上活动，但成功地将擅长海上活动的中国海商们纳入自己的统治之下。他们利用从长江河口运往北京的税粮运输的航运关系人，进行历代王朝无法比拟的海运活动。
蒙古人在中国建立的元王朝，平定江南后不久，就利用张宣、朱清等在长江河口崇明进行偷运盐的商人，通过海上运输将从宋押收的文书运往北京。此后，还让他们建造60艘平底海船，并用这些船只将江南的税粮通过海上运输运往北京，开辟了海运路线。
在中国首次主动地利用海洋发展国家海运的王朝并不是作为农耕民族的汉民族建立的王朝，而是作为游牧民族的蒙古族建立的元王朝。
蒙古人不仅将海商收归旗下，而且也将海贼纳入自己的统治范围，使海军力量大大增强。
元世祖忽必烈至元十七年（1280年）广西廉州的海贼霍公明和郑仲龙等人降伏（《元史》卷一一《世祖八》）。
至元十六年海贼贺文达、顾润等人抢劫海岛。由于辅国上将军都元帅合剌带成功劝降了贺文达，元朝还增加60艘船加强其实力（《元史》卷一二）。元朝于两年后的至元十八年东征日本。在日本称为“弘安之役”，一般认为，蒙古人在实施的第二次元寇活动中，将华南地区的海贼集团充当海军作为征服日本军队的一部分。
合剌带的名字在《元史》中有四种表记。在他的传文中，有这样的记载：至元二十年九月戊午，合剌带成功将象山县海贼尤宗祖等9592人归顺元朝，沿海海域由此平安无事。象山县属于江浙行省庆元路，相当于现在的浙江省宁波市东南部朝向东海的地区。
至元二十年十一月葵丑，总管陈义应元朝的要求，向元朝提供了自己建造的海船30艘。陈义也因此功劳获得了元朝授予万户之位的称号。陈义最初是绰号为“五虎陈”的海贼。至元十三年百家奴继父亲嗦都之后以郢复州招讨使、建康宣抚使身份率征宋军乘坐军船沿着华南沿海航行进驻福建同安，在平定所有的沿海县镇后，五虎陈义率领战船3000余艘归顺。进入元朝之后，五虎陈义援助张弘范，也为元朝捉拿南宋遗臣文天祥出过力。
尽管有一部分的海贼归顺了元朝，但有人继续操以海贼为生计的活动。
至元二十年正月，曾归顺的海贼贺文达抢劫平民、妇女130余人。
至元二十一年十一月己丑，江西行省参知政事的也的迷失抓捕了海贼黎德及其团伙133人。黎德当场被打死，黎德的弟弟黎浩和吴兴被护送到大都北京，元朝让他们从事农业活动。黎德残余全部被平定是在第二年的二月份。元朝的江西行省的管辖区域相当于现在的江西省和广东省北起长江中流的九江，南至广东沿海的潮州、广州和阳江。黎德等被捕的地方尚不清楚，但可以推测他们可能是出没于广东沿海一带的海贼。
海上群雄方国珍
在《明史》卷一二三《列传十一》中记载着元末时期陈友谅、张士诚、方国珍、明玉珍等人率领各地的叛军与元王朝作战，相互争霸的事件。在这些人当中，陈友谅出生于湖北省汉阳附近的渔民之家，在长江以打鱼为生。张士诚是靠近江苏省扬州的白驹场亭人，一直从事运输盐的活动。方国珍是浙江省台州黄岩人，祖祖辈辈在海上从事盐的贩卖活动。
在建立明王朝的太祖朱元璋在创业过程中遇到的对手中，毫无疑问，上述的三人都是在水运方面具有相当知识和经验的人。其中，出身于沿海地区以海运业家庭的方国珍与陈友谅、张士诚不同，他在海运业方面有强大的实力。
元朝至正八年（1348年），当在海上肆虐抢劫的蔡乱头被捕后，方国珍就被告密与他有关系。方国珍杀死告密者，与其兄国璋、弟国瑛一起逃到海上，就纠集数千民众抢劫运输船只堵住海路。元朝下令行省参政讨伐，反遭击败，于是改为怀柔政策，授予方国珍为定海尉。但不久，方国珍又起兵反叛，洗劫温州。元朝再度授官以招归顺。方国珍还是屡次叛乱，到元末，其割据的地区从相当于现在江苏省南部的庆元、温州、台州等到浙江省的沿海地区，并控制了这一带的海上区域。这种状态下，即使是已经打败了陈友谅的朱元璋也不能简单地制伏方国珍了。但到了洪武二年（1369年）汤和成功地平定了方国珍。方国珍被授予广西行省左丞，数年后死于南京。在元末群雄中，方国珍是少有的享有善终的人。
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