重庆柑橘产业发展虽然拥有众多的优势和机遇，各级政府也为之付出了不懈努力，但一个产业的跨越式健康发展不是一朝一夕就能完成和实现的，在产业发展进程中，还存在一些不尽人意和需要不断完善的地方。
（一）品种结构不合理
重庆市有38个区县都有柑橘的种植，在过去的发展中因疏于管理和宏观调控，品种的布局没有按生态的最适原则进行安排，造成重庆市柑橘生产的品种结构与布局不合理。一是品种不配套，以宽皮柑橘为主，经多年改换后仍占柑橘总产量的40%左右，其中又以红橘为主，年内成熟的橙类占35%左右，柚类8%左右，晚熟的夏橙及其他有希望的杂柑类所占比重偏少。二是产期太集中，柑橘在11-12月成熟的占了82%左右，不能满足周年均衡供应。三是以鲜食打主力，鲜食柑橘占全市柑橘产量的90%左右，加工品的产量和品种甚少，没有形成产业化的加工原料生产基地，销售时间过于集中，销售形势较为严峻。
（二）单位面积产量低
三峡库区立地条件较差，基础设施薄弱，一些老果园树龄长达五十甚至百年，树势整体衰弱，大面积生产管理粗放，单位面积产量低，2008年全市柑橘平均单产为658kg/，亩，低于全国平均水平和西部的广西和四川省的平均水平，在全国九大主产省市区中位于第七，仅为最高的浙江省1297k~/亩的50.73%。大量低产老果园占据着良田沃土，造成了耕地和人力资源的极大浪费。
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