东汉后期，阶级矛盾日趋尖锐，最终爆发了黄巾起义。阶级力量对比形势发生了变化，各地豪强地主集中了地方的军权、财权，形成军阀割据的局面。经过连年混战、兼并，最后成为分立的三个国家。
佛教初人中土，传播速度缓慢。为了便于流传，佛教徒不得不将佛教教义与中国传统文化适应，依附于福祥说法，甚至变化些小魔术来吸引人们注意，投其所好。《高僧传·康僧会传》记载：“时吴地初染大法，风化未全，僧会欲使道振江左，兴地图寺，乃锡仗东游，以吴赤乌十年，初达建业，营立茅茨，设像行道。时吴地以初见沙门，睹形未及其道，疑为矫异。”孙权召见康僧会，谈及梦中见到佛教的菩萨，问及佛教有何灵验。康僧会说如来变化莫测，法力无边，佛陀死后留有遗骨合利，也是灵光再现，法力无边。孙权以为康僧会之言，夸大其辞，但是允诺，如果康僧会变出合利，就造塔纪念，否则就以国法处罚。“乃共洁斋靖室，以铜瓶加几，烧香礼请。七日期毕，寂然无应，求申三七，亦复如之。”到了三七（21天）的傍晚，仍然没有什么动静，众人很是畏惧。到了夜间五更时分，忽然听到瓶中“铿然有声”，康僧会亲自走到铜瓶旁观察，果然发现了瓶中有舍利子出现。第二天早上，呈现给孙权，满朝文官官员，集中观看，当见瓶中的合利子放出五色光芒，非常耀眼。孙权手拿铜瓶，将合利子倒到铜盘上，用五色的合利子敲击铜盘，铜盘碎了，但是舍利子无恙。孙权肃然起敬，感叹：这真是稀有的宝贝，瑞祥的象征。于是孙权兑现承诺，为康僧会建塔，“以始有佛寺，故号建初寺，因名其地为佛陀里。”康僧会故弄玄虚，2l天之后，方才出示合利，引动孙权的好奇，又几番卖弄，目的是让孙权对佛教令眼相看，得到支持。
至魏晋时期佛教经典翻译已有千卷，这时佛教大乘空宗理论引起了统治者的注意，从翻译出来到引起关注，其间相隔了150多年。当时佛教界领袖道安、慧远等人，用王弼、何晏等人的“贵无”学派思想体系来解释般若，他们理解的佛学是玄学化的佛教哲学。由于道安以魏晋玄学观点来解释佛教的哲学思想，他的学派与学说得到了上层统治者的大力支持，因此扩大了佛教的影响。
西晋时，在中国北方石勒统治时，才出现了大批僧人，这些僧人得以享受免役的待遇。
《涅槃经》在南北朝得到广泛的传布，宣传涅椠佛性的学说、主张顿悟成佛的竺道生得到社会的普遍重视。涅槃佛性成为晋朝宋时佛教宗教哲学的中心问题，按照任继愈先生的说法，佛教哲学由“般若”转到“涅槃”学，这一转变是佛教滋长蔓延的第二阶段。
齐梁时代，上层贵族包括不少皇帝，开始信佛。梁武帝萧衍佞佛，四次合身佛寺，由国家出钱赎回。梁武帝曾强买王导子孙王骞的田80顷捐赠寺庙。梁武帝宣布佛教为国教，信奉佛教的信众更多。这是佛教发展的第三个阶段。
唐朝的几个主要宗派的建立、发展，这与统治者支持有关，在统治者大力支持下，出了不少有学问的和尚，建立了几派不同的思想体系。
佛教在唐朝对广大人民宣传成佛的道理，成佛的途径，比南北朝时期简单、易懂。成佛在当世，还是要经过累世修行，在隋末唐初是个久悬未决的问题。玄奘西行求法，就是为了解决这个问题。
隋唐时期佛教经典大力被翻译过来，佛教有了广泛的群众基础，佛教徒增多，但是在中国广泛流布的不是生搬硬套的印度经院哲学的法相宗，而是经过中国自己引申发挥，甚至在印度佛教学说中很少有根据的一些宗派，如天台宗、华严宗，特别是禅宗。
宋代初期对出家限制严格，到了宋真宗时期，放宽了对出家的限制政策，致使全国僧尼人数比宋初增加了许多，寺院也增加到四万多所。宋代寺院分为禅院、教院和律院，形成了宗法性质的住持继承制度。宋代佛教徒注重实践，故禅、净两宗最为流行。禅宗，特别是临济宗、云门宗两派最盛，后来临济宗又分为黄龙、杨歧两派。南宋时，杨歧派成为临济正宗，盛行于南方。净土宗与天台宗、禅宗结合，形成台净融合、禅净双修的教法，在社会上颇为盛行。华严、律宗等宗稍次。
元代统治者尽管崇尚藏传佛教，但是对汉地佛教也采取了保护政策。佛教中的禅宗、律宗等得以继续流传、发展。元代寺院林立，僧尼众多。元世宗至元二十八年（1291年）统计，全国有寺院42318座，僧尼21-3万人。
明代万历以后，诛宏、真可、德清、智旭四大家出，进一步发展了禅宗、律宗等学说，深得士大夫阶层的欢迎和平民的信仰。
清初皇室信奉藏传佛教，对汉地佛教采取限制政策。康熙时禁令稍松弛，使已经衰微的佛教一时又呈现出活跃的气象。
近代由于杨文会、欧阳竟无的倡导和身体力行，创办了金陵刻经处、佛学院、佛学会，为佛教义学开辟了一个新的天地。民国时期，佛教、佛学一度繁荣，康有为、谭嗣同、章太炎、梁启超等都曾受到佛学的影响。佛学研究、佛教事业都很火红，出现了月霞、谛闲、圆瑛、太虚、印光、弘一等一批名僧，弘扬佛教，使华严宗、禅宗、法相宗、净土宗、律宗大发异彩；还产生了韩清净、丁福保、梁启超、吕潋、汤用彤等一批佛学名家，深研佛学，使民国佛学研究达到了一个前所未有的高度，至今还在影响着中国佛学研究。
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