参加国的政策制定者们所意识到的挑战相当不同。这部分地是因为他们面对不同的挑战。政策制定共同体对这些挑战意识的不同也很重要。在许多国家，由于在过去几年中经济环境和创新过程的变化，越来越意识到需要关注效力的明显缺乏和政策系统的适应性。譬如：
（1）荷兰在2001年到2002年期间，进行了高级的政策分析，该分析突出荷兰经济和创新系统所面临的许多挑战，并为其政策方法的广泛修正创建了合法基础。在名为“知识经济的支柱”一文中指出了适应能力、机构改革和良好运作市场的重要性（Boekholt and den Hertog，2005）。
（2）在新西兰，在1999年的政府变革之后，发起了大量的努力来处理政策挑战，并明确强调必须重新思考政府在逐步停止严格的新公共管理体制中的作用。
（3）在瑞典，研究策略白皮书——研究与复兴（2000）包括关于更加综合的创新政策的新观点。
（4）在挪威，政府最近启动了一个程序来帮助界定综合创新政策，迄今为止，已经促进了理解的深入。
尽管各国政府和利益相关者们所强调的主题不同，但国家创新政策监控与实施工程的资料提请注意一些重要的共性挑战：
（1）缓慢增长和区域不平衡。
（2）日后的收入差距，因经济政策而带来创造的代际挑战。
（3）对创新政策和创新政策在更广泛的政策组合中的作用缺乏共识。
（4）政府结构的断裂或者分割，导致整合或合作的缺乏，譬如在创新例子证实了若创新政策企图获得更广泛的作用、与互补政策领域更好地整合，那么更加有效的治理和政策协调是非常重要的。
（2）系统的不平衡和政策的需求
从本质上看，政策系统中的张力和相互作用实际上可能独立存在。尽管一个推动经济增长的创新政策被认为会增加社会的总福利，但是它或将包括或导致与国家传统价值体系相冲突的分配效应。例如，创新政策可以激励某些产业的发展，譬如知识经济的发展，但与此同时，也留下或加强了包括高失业等的重大结构问题（Hayrinen-Alestalo and Pelkonen，z005）。像在20世纪90年代兴起的“新经济”的局部不平衡，当新经济结束时，留下了重大的分配问题。金融市场的不平衡或许是社会和结构方面的更深不平衡的一个指标。
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