新一代宽带无线移动通信代表了信息技术的主要发展方向，实施这一专项将大大提升我国无线移动通信的综合竞争实力和创新能力，推动我国移动通信技术和产业向世界先进水平跨越。“十一五”期间，该专项将研制具有海量通信能力的新一代宽带蜂窝移动通信系统、低成本广泛覆盖的宽带无线通信接入系统、近短距离无线互联系统与传感器网络，掌握关键技术，显著提高我国在国际主流技术标准所涉及的知识产权占有比例，推动科技成果的商业应用。
    水体污染控制与治理重大专项将重点围绕“三河、三湖、一江、一库”，集中攻克一批节能减排迫切需要解决的水污染防治关键技术，为实现节能减排目标和改善重点流域水环境质量提供有力支撑。“十一五”期间，该专项将选择不同类典型流域，开展流域水生态功能区划，研究流域水污染控制、湖泊富营养化繁殖和水环境生态修复关键技术，突破饮用水源保护和饮用水深度处理及输送技术，开发安全饮用水保障集成技术和水质水量优化调配技术，建立适合国情的水体污染检测、控制与水环境质量改善技术体系。重大新药创制专项将重点针对重大疾病的防治，研制一批具有自主知识产权的创新药物，为群众提供安全、有效、廉价的医药产品。“十一五”期间，该专项将重点研究化学药和生物药新靶标识别和确证、新药设计，以及药物大规模高效筛选、药效与安全性评价、制备合成药性预测关键技术，开发疗效可靠、质量稳定的中药新药，研制30～40个具有知识产权和市场竞争力的新药，完善新药创制与中药现代化技术平台，初步形成支撑我国药业发展的新药创制技术体系。
    国务院会议要求，各有关部门要进一步完善这三个专项的实施方案，抓紧组织实施。要切实加强领导，建立有效的组织管理体系；完善政策体系和激励机制，建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系；统筹和优化科技资源配置，集中力量突破核心技术和关键技术；营造良好的创新环境，吸引优秀人才参与重大专项实施；创新管理机制，建立有效的监督评估制度和动态调整制度，确保重大专项顺利实施。
    其他重大专项
    先进压水堆及高温气冷堆核电站，核心电子器件、高端通用芯片及基础软件产品，极大规模集成电路制造装备及成套工艺3个专项已经完成方案编制和综合论证。
    大型油气田及煤层气开发、转基因生物新品种培育、艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治3个专项的实施方案编制完成，综合论证工作已经启动。
    ……

第一章综述
第一节科技发展新要求
一、学习贯彻党的十七大精神
二、科技发展新思路
第二节  科技创新能力持续增强
一、科技资源配置
二、自主创新能力
三、科技人力资源
四、高技术产业化
第三节  国家科技重大专项稳步推进
一、精心组织，科学编制和论证专项实施方案
二、总体进展和专项任务部署
第四节科技支撑经济社会又好又快发展
一、突破产业发展关键技术
二、支撑社会主义新农村建设
三、狠抓节能减排促进发展方式转变
四、关注民生促进社会和谐发展
第五节科技工作新进展
一、颁布修订后的《科技进步法》
二、完善自主创新的法制与政策
三、推进国家创新体系建设
四、加强科技管理体制改革
五、加强区域与行业科技工作
六、推动国际科技合作
七、推进科普事业

第二章  国家创新体系与制度建设
第一节科技政策与法律法规
一、《科技进步法》
二、科技相关法规
三、《配套政策》实施细则
第二节  以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系
一、技术创新体系建设
二、转制院所创新能力建设
第三节高等学校与科研院所创新服务能力建设
一、高等学校
二、中国科学院知识创新工程
三、非营利性科研机构创新能力建设
第四节军民两用技术创新体系
一、促进国防建设与经济建设两个能力相结合
二、吸收社会资本参加国防科技工业建设
第五节科技中介服务体系建设
一、生产力促进中心
二、技术市场
三、科技企业孵化器
四、大学科技园
五、国家技术转移机构
六、科技评估

第三章科技资源与能力建设
第一节科技投入
一、中央政府投入
二、地方政府投入
三、企业及其他投入
四、科技金融
第二节科技人力资源
一、科技人力资源总量
二、科技活动人员
三、R＆D人员
四、科技人才培养
第三节科技条件平台建设
一、科研条件自主创新
二、科技基础条件平台建设
三、区域创新平台建设
第四节研究实验基地建设
一、国家实验室和国家重点实验室
二、国家工程技术研究中心
三、国家野外科学观测研究站
四、企业国家重点实验室
五、省部共建国家重点实验室培育基地
……
第四章 基础研究
第五章 前沿技术
第六章 新农村科技进步
第七章 节能减排科技进步
第八章 高技术产业与高新区发展
第九章 社会科技进步
第十章 能源、资源与环境科技进步
第十一章 区域科技发展与地方科技工作
第十二章 国际科技合作
第十三章 科普事业
附录 主要科技指标