黄帝部族为了维护华夏集团的整体利益，就答应炎帝部族的请求，将势力推向东方。这样，便同正乘势向西推进的蚩尤部族在涿鹿地区遭遇了。当时蚩尤部族集结了所属的81个支族，在力量上占据优势，所以，双方接触后，蚩尤部族倚仗人多势众、武器精良等条件，主动向黄帝部族发起攻击。黄帝部族则率领以熊、罴、狼、豹、雕、龙、鹗等为图腾的氏族，迎战蚩尤部族，并让“应龙高水”，即利用位处河流上游的条件，在河流上筑土坝蓄水，以阻挡蚩尤部族的进攻。
“战争”爆发后，适逢浓雾和大风暴雨天气，这很适合来自东方多雨环境的蚩尤部族展开军事行动。所以在初战阶段，适合于晴天环境作战的黄帝部族处于不利地位，曾经九战而九败（九是虚数，形容次数之多）。然而，不多久，雨季过去，天气放晴，这就给黄帝部族转败为胜提供了契机。黄帝部族把握战机，在玄女部族的支援下，向蚩尤部族发动反击。他们利用特殊有利的天候——狂风大作，尘沙漫天，吹号角，击鼙鼓，乘蚩尤部族部众迷乱、害怕之际，以指南车指示方向，驱众向蚩尤部族进攻，终于一举击败敌人，并在冀州之野（冀州，今河北地区）擒杀其首领蚩尤。涿鹿之战就这样以黄帝部族的胜利而宣告结束。战后，黄帝部族乘胜东进，一直进抵泰山附近，在那里举行“封泰山”仪式后方才凯旋西归。同时在东夷中选择一位能服众的氏族首领少嗥继续统领九夷部众，并强迫东夷部族同华夏集团结为同盟。
这场“战争”的大致经过是由神话传说所透露的，因此更具体的细节已无从考察了。但是神话毕竟是历史的投影，它曲折地反映了历史。从这个意义上说，涿鹿之战堪称我国古代战争的滥觞。涿鹿之战中，黄帝部族之所以能取得最后胜利，在于其战争指导上比蚩尤部族高明。具体而言，即黄帝部族已开始注意从政治和军事两方面做好战争准备，史称“轩辕氏乃修德振兵”，就是证明。在战争过程中，黄帝部族还善于争取同盟者，巧妙利用有利于己不利于敌的气候条件，果断地进行反击，从而一举击败强劲的对手，确立自己对中原地区的控制。相反，蚩尤部族尽管兵力雄厚，兵器装备优于对手，但由于一味迷信武力，加上连年对外扩张，“好战必亡”，已预先埋下了失败的种子。在作战指导上，又缺乏对气候条件的应变能力，缺乏对黄帝部族的大规模反击的抵御准备，因而最终招致败绩，丧失了控制中原地区的历史性机遇。
这场大战持续时间之长，动员的力量之多，战斗之残酷和激烈，在历史上都是空前的。涿鹿之战胜利后，以黄帝为首的北方氏族联盟巩固了在中原地区的地位，在通往华夏族形成的道路上向前迈进了一大步。战争的胜利，更加牢固地确立了黄帝的领袖地位。这位远古神话传说中的英雄，就成为中华民族的象征。
蚩尤在涿鹿之战中失败被杀，但是他的功绩并没有被人们遗忘。传说他曾发明了“五兵”，还传说他当时已掌握了用金属制作兵器的技能，似乎青铜时代最普遍使用的兵器如戈、矛、戟、殳等都是他发明的。在汉代画像石的图像中，常可以看到蚩尤的形象，他被画成似人非人的神兽形状，双手各执一件兵器，两足也各抓一件兵器，头上还顶着一件兵器，而在左右胁下各佩带一件兵器，总数仍是五件，以合于蚩尤发明“五兵”的数目。当然，这。种手足持兵器的蚩尤图像，是出于汉代艺术家的想象，但足以表明人们对这位兵器发明者的怀念。
除了制作“五兵”以外，蚩尤在古代还一直作为“军神”或者说是战争之神受人尊敬，在中国古代称战争之神为“兵主”。其实，在古史传说中，除了蚩尤战败被杀外，还有关于蚩尤命运的另一种传说，即涿鹿之战后，黄帝并未杀蚩尤，而是让他主兵，蚩尤后来成为“军神”，受到人们的称颂。
《史记·五帝本纪》的注文所引的《龙鱼河图》中载，上天差遣玄女下凡传授黄帝兵符，才能制伏蚩尤，然后黄帝让蚩尤主兵，以制八方。后来蚩尤死了，天下大乱，黄帝又将蚩尤的画像送到各地，以表明他并没有死。人们以为蚩尤还活在人间，因此八方又臣服于黄帝。据《史记》记载，秦始皇东游海上，行礼祠名山大川及八神，八神之中的第三神就是“兵主”蚩尤。到了汉代，凡都城都立有蚩尤祠。西汉的都城长安立有蚩尤祠，东汉时的都城洛阳也立有蚩尤祠，而且可能与存放兵器的武库距离较近，当名将马严拜将军长史时，皇帝曾命令他“过武库，祭蚩尤”，可见当时命将出兵要祭“兵主”蚩尤。这种祭祀蚩尤的做法，在中国古代沿袭很久，直到唐代仍然保持着出兵祭蚩尤的习俗。
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