本文分两个部分展开：合作组织的理论分析和实践分析。
第一部分，合作组织的理论分析。
第一章，运用重复博弈理论探寻合作组织的基石。重复博弈理论表明当博弈的次数足够多，博弈重复进行的时候，合作的结果在参与人之间可以达成，这就为合作组织找到了存在的基石，分析表明，合作组织的背后有一个共同的因素在起作用，那就是合作社内部成员相互之间以某种方式产生了可信性的信誉基础。
第二章，探讨监督对合作组织的重要性。由于合作组织监督的困难，它可能适合于这样的领域：期望有更多的偷懒，同时期望更少的对市场价值作直接反映的组织。因此，发展合作组织必须注意其主客观条件是否具备。随着客观经济环境的变化，合作组织可能演变为治理结构更加合理的组织形式。
第三章，探讨合作组织中平等和效率的关系。霍尔姆斯托姆的研究指出，在一个封闭的、预算平衡的，即平均分配的组织内，“搭便车”可能导致诸如劳动努力等生产性投入的供给不足。当放松预算平衡的条件时，引入一个可以获得非预算平衡分配规则剩余的委托人。合作组织就可以在一定程度上恢复效率。麦克洛伊德论证当社员退出合作社的成本较高时，一个合作社的效率可以通过社员之间的相互威胁战略来实现。
第四章，讨论退出权、退出成本与合作均衡的关系。麦克洛伊德认为对社员来说，合作均衡的存在要求一个较高的退出成本。林毅夫认为，社员的退社权是保证合作社运动成功的必要条件。董和道证明，退出权的引入可能使一个合作组织加速崩溃，从而导致规模经济的丧失。普特曼和斯格曼认为，对退出权更为全面的理解是，当偷懒的社员为逃避其他社员对自己的惩罚而退出合作社时，只要社员在合作社之外获得的预期效用大于社员对偷懒的最大反应的效用水平，那么引入退出权将降低合作的可能性。当社员的相互退出是对偷懒社员的一种惩罚时，只要合作社具有显著的规模经济，那么社员的合作在有退出权时更有可能。
第二部分是信用合作组织的实践分析。具体分析中国农村信用社对合作组织效率条件的违背及其结果，同时对中国农村信用社的发展和改革作深入探讨。
第五章，回顾信用合作社的发展历程。从中外信用合作社兴衰的历史中可以看到信用合作社良性运转的一些重要前提条件。
国外的互助性合作组织，其产生背景都是相似的，那就是在合作成员处于劣势地位时，他们更容易团结起来加入合作组织，从而获得合作收益，以抵御各种不利环境。中国早期信用合作社的发展说明，合作组织坚持自愿、民主、独立等原则的重要性。
同时，合作社的发展表明，合作社首先要在合作成员自愿的条件下建立，但是，仅仅有农民的自愿是不够的，还必须有外部力量的推动。正是大量德高望重的人士积极参与合作运动，合作社才得以建立和健康发展。
中国农村信用社的曲折发展历程表明，农村信用合作社始终处于政府的强力控制中，其性质模糊不清。
第六章，考察信用合作社的合作原则。这些合作原则是信用合作的具体制度安排，是信用合作实践的产物。
罗虚代尔原则涉及到合作组织的平等、互助、非营利等重要内容。国际合作联盟的合作原则体现了罗虚代尔原则的基本精神。在信用合作原则方面，莱夫艾森和舒尔茨一德利奇信用合作原则的主要内容已经蕴涵在合作原则中。威廉·哈斯的信用合作原则具有更为开放的视野和更为自由的氛围。
纵观合作原则和信用合作原则在各个时期的规定可知，尽管随着客观经济环境的变化，具体的合作原则可能有一些差异，但是合作制的内核从来没有变动过。自愿、平等、民主、非营利等基本理念一直根植于合作社发展的全过程。
尽管中国农村信用社的几个章程都包含了合作原则的核心内容，但是，农村信用合作社的实践却与合作原则相去甚远。在现阶段，农村信用合作社已经背离了自愿、互助、民主、非营利等核心的合作原则。
第七章，深入到信用合作组织内考察其治理结构。完善的合作组织治理结构是合作原则的具体化，是合作制度的本质体现。
信用合作社的产权结构是有缺失的。随着信用合作社的发展，其产权制度的一些弊端也逐渐呈现。因此，信用合作社的产权制度出现了如下一些重要变化：差异化的入股权、实现了按股分红、赋予股权部分转让权等。
信用合作社的治理结构主要是处理三种关系：社员大会或社员代表大会对监事会、理事会的选举、批评和罢免关系；监事会对理事会的监督关系；理事会对信用合作社的领导关系。
在中国的实践中，信用合作社的治理结构存在如下一些问题：一是社员代表大会作用发挥不够；二是理事会与经营班子关系不顺；三是监事会不能发挥正常的监督作用。
第八章，对中国农村信用社的运行效率进行分析。分析表明，破坏了合作均衡条件的必然结果是合作组织运行的低效率。
中国农村信用社的经营具有以下一些特征：社均存贷款规模比较小；贷款对象日益非农化；股金偏低，自有资金缺乏；存贷款总额“剪刀差” 和农户存贷款的“剪刀差”。中国农村信用社的经营绩效呈现出不良资产比例高、资金成本高、亏损面大等；制度性绩效表现为互助性质淡化、决策机制弱化、激励机制缺乏。因此，总体来看，中国农村信用社的运行效率是比较低的。
第九章，对以农村信用合作社为主的农村金融的绩效进行实证分析。
本章利用协整理论建立了农业贷款、乡镇企业贷款、财政支农资金与农民收入各项指标的长期关系和误差修正模型，结果表明：在长期，农业贷款对农民收入的各项指标都有反向的影响；乡镇企业贷款对农民的名义收入有显著影响；财政支农资金对农民的实际收入具有正向作用，对名义的农民收入也有显著的影响（农村居民家庭经营收入除外）。但是，误差修正模型表明，农民收入的短期变动难以用金融和财政的变量解释。因此，完善金融市场，促进农业贷款发放，增加向以乡镇企业为代表的中小企业贷款，提高财政支农资金使用效率，对农民增收具有重要作用。
第十章，从信用合作组织有效运行的条件出发，探讨中国农村信用社的改革方向。
近年农村信用合作社的改革效果并不理想。目前，制约农村信用合作社发展的因素主要有：历史债务包袱沉重、地方政府控制过严、信用合作固有的制度缺陷。信用合作的制度缺陷表现在：用人制度缺陷、均衡持股与动力机制的矛盾、股权设置及流转的矛盾等方面。农村信用合作社有效运行的条件有：适合的经济环境、充分的合作意愿、适时的外部推动和合理的制度构建。
农村信用合作社改革的最终目标是建立高效率运行的信用合作组织。
农村信用合作社的改革应坚持：自愿选择的原则、分化重组的原则、按合作原则规范真正的农村信用合作社等。
农村信用合作社的改革重点是：明晰产权关系，完善产权制度；深化农村信用合作社管理体制改革；建立相互制衡的治理结构；开放信用合作机构的准入限制。
调整放宽农村地区银行业金融机构准入限制，允许开办村镇银行、农村资金互助社、贷款公司，是我国银行业市场准入政策的重大突破，也是农村金融改革的重大创新，必将对农村金融体系的完善产生深远影响。
总体而言，本文的创新之处体现在以下四个方面： 一是研究方法创新。传统合作经济理论主要是用规范的方法探讨合作组织的理论问题。本文撇开价值判断，主要运用现代经济学的研究方法博弈论对合作组织成立的条件和面对的约束进行逻辑实证分析，着重探讨了合作组织有效率运行需要满足的基本条件。
二是理论创新。用严谨的理论分析澄清了对合作组织的许多模糊认识。首先，运用重复博弈的理论找到了合作组织存在的基石：当博弈可以重复时，参与人之间可以实现合作。其次，论述了由于合作组织监督的困难性，合作组织的适应范围就有严格的界线。再次，指出在一定的条件下，合作组织的平等与效率可以相容。最后，对不同条件下的退出权和退出成本对合作均衡的影响作了理论分析。这是对近几年人们关于合作组织的怀疑和盲从两种极端态度的澄清。
三是系统考察了信用合作制度。首先，指出信用合作原则是合作组织理论在信用合作实践中的运用，是信用合作组织健康发展的关键。其次，通过信用合作组织发展历程的考察，进一步证实了合作理论和信用合作原则的重要性。再次，指出信用合作组织的治理结构是信用合作的具体的制度安排，是信用合作成功的制度保障。最后，提出了信用合作组织有效运行的条件：适合的经济环境、充分的合作意愿、适时的外部推动和合理的制度构建。
四是应用创新。通过对中国农村信用社的实证分析，指出了农村信用合作社下一步改革的方向。首先，指出政府强力干预下的农村信用合作社已经背离了合作原则，这是各种问题的根源。其次，指出农村信用合作社治理结构的已经与信用合作组织不相适应。再次，通过详实的数据对中国农村信用社的运行效率进行了实证分析，指出违背合作原则的必然逻辑结果是运行效率的低下。最后，指出农村信用合作社必须在自愿的基础上，通过市场选择的办法分化重组现有农村信用合作社，辅之以资格确认的办法承认民间信用合作组织，构建中国多层次多类型兼容的信用合作组织体系。
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