《中国与东盟自由贸易区研究》是在上述研究课题的基础上形成的，主要包括五部分的内容。
第一部分由第一章和第二章构成，是关于中国与东盟自由贸易区的形成和内容的分析，主要考察了中国一东盟自由贸易区（CAYTA）形成的政治经济和历史原因，并与北美自由贸易区相比较，简要地介绍和分析了CAYTA所包括的主要内容和特征。
第二部分由第三章、第四章和第五章构成，是对CAYTA所做的纯经济分析。在这部分内容中，我们通过中国与东盟之间已有的贸易和投资联系，考察了彼此之间的竞争生和互补性，并利用引力模型考察了自由贸易区形成之后可能产生的贸易流量效应。另外我们还以要素禀赋理论和可计算一般均衡模型为基础，分析了CAYTA建立之后可能对我国各产业部门产生的福利影响以及日本和韩国加入之后可能带来的变化。因此我们的分析不仅限于CAYTA本身的经济效应，而且还考虑在此基础上形成10+3的可能性及其影响。
第三部分由第六章和第七章构成，分别从中国和东盟内部和国际范围的角度，利用政治经济的分析方法考察了CAFTA的形成对中国、对东盟以及对整个亚太地区的影响。
第四部分内容由第八章、第九章、第十章和第十一章构成，分别从货物贸易自由化、服务贸易自由化、投资自由化和经济技术合作4个方面深入地考察了CAFTA的具体内容。当前，中国与东盟只是就货物贸易自由化和相关的原产地规则以及争端解决机制达成协议，投资和服务贸易自由化的谈判正在进行。因此本部分的研究并不是对CAFTA内容的简单介绍，而是着眼于其未来发展，考察一个全面的CAFTA将要涉及的主要自由化内容和相关问题。
第五部分由最后3章构成，考察我国的自由贸易区战略或者政策的协调问题。在这部分内容中，我们对自由贸易区的经济效应做了进一步的分析，提出一个国家在不同时间与不同国家签署不同的自由贸易协定的情况下，必须充分考虑并减少由此带来的贸易转移效应，调整成本和行政成本。实现这一目的的重要途径就是理性地确定自由贸易区战略。于是，我们考察了美国和欧盟在这方面的经验和做法，并在最后一章集中讨论了FTA、WFO和APEC之间的相互关系，从多边、区域和双边的角度阐述了我国的自由贸易区战略和在东亚实现区域贸易安排整合等有关问题。
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