《恐怖主义论》关于恐怖主义的论述，基于这样一个假设之上：恐怖主义是一种非对称性的暴力行为方式和政治逻辑，本质上起源于个体、组织和国家之间的利益争夺。因此，需要利用能够超越特定利益关切的人类智慧来限制和削弱恐怖主义的影响与破坏能力。但是，月前国际社会所从事的诸多活动，不仅难以达此目标，反而易使暴力活动不断升级，使得人与人之间、人与自然之间的关系不断恶化。当然，存在恐怖主义现象，并不必然出现恐怖主义问题。当代恐怖主义作为一个问题的出现，在很大程度上是主流社会排斥他者、迷信理性思维及国家垄断暴力使用权的结果。
恐怖主义虽然是人类生活中的邪恶现象，但战争和其他暴力（包括制度性和结构性暴力）形式也必须同时受到批判，《恐怖主义论》认为：恐怖主义是一种斗争工具，而不是问题本身；恐怖主义问题是各种社会力量建构的结果，而不是一个先验邪恶的概念；社会中的各行为体对待恐怖主义的态度，虽然与道德与规范有联系，但主要取决于其在权力格局中的地位与要求；现代社会一方面生产着反恐手段，同时也在强化着恐怖主义赖以产生和存在的基础；各行为体参与当代国际反恐怖运动，主要目标是追求或保持自己的权力和地位，而非消除、减轻恐怖主义的威胁；减弱恐怖主义威胁、消除恐怖主义根源，不仅要利用现代文明成果，更要从根本上转变人类的思维模式，从东方哲学、特别是从中国古典哲学中寻找思想武器，而非简单地发明一些技术性的反恐手段。
《恐怖主义论》内容主要包括引言、正文七章和结语，共九个部分，其主要内容如下：引言部分首先对前人研究成果进行综述，再对恐怖主义问题研究中的学术方法与宣传方法进行界定，最后认为要用真正科学的态度与方法去研究恐怖主义。这里所谓的科学不仅仅是指使用各种高科技手段进行反恐怖活动，更重要的是对恐怖主义要有客观、真实的了解与认识。
第一章“恐怖主义概念分析”，主要论述恐怖主义产生的根源、恐怖主义成为一个安全问题的话语环境及其恐怖暴力的历史沿革。恐怖主义的产生不仅有社会和历史传统方面的因素，而且与权力分配状态也有密切的关系，并受不同行为体地位和需求的影响与制约。
第二章“现代性背景下的恐怖主义”，主要分析现代性与恐怖主义之间的关系，现代性不一定是恐怖主义产生的根源，但也不一定是解决恐怖主义的办法，反而有可能在很多方面使得世界暴力系统化、组织化，使分散的、间断的暴力活动转变成人类社会生活中的经常状态。
第三章主要以巴以冲突为例，分析行为体对恐怖主义的态度与其在权力格局中地位的关系，犹太人/以色列在追求其自身利益的过程中，由于力量与可选择手段的局限，恐怖主义也成为其有效的斗争工具。这种状况再现于后来巴勒斯坦人的政治追求和暴力活动中，在世界范围内，也可以清晰地发现恐怖主义与权力分配、力量强弱对比之间的联系。
第四章分析美国与恐怖主义之间的关系。一般来说，美国是国际恐怖主义的主要目标，但这与其说是反美的，还不如说是反对权力中心的，是反抗权力中心的压制行为的。并且，作为世界权力的枢纽，美国也不断地把自己建构成恐怖主义的主要目标，一然后可以通过反恐怖行动来进一步使自身地位合法化、合理化。并且，在美国的反恐政策与恐怖活动的分布与特征方面存在着互动关系。
第五章对国际反恐合作的特征和本质进行分析。国际恐怖主义的根源是国际权力和利益分配结构问题，这是数量上的增减不能根本解决的。国际恐怖主义的产生还伴随着一些诱因和条件，而当代国际反恐行动只是在和这些诱因和条件作战。这样，国际反恐行动在本质上就不一定是追求人类幸福和公正的努力，而主要体现为对世界权力格局调整的努力，反恐怖经常只是国际斗争的新形式。
第六章“恐怖主义问题的后现代转折”，主要是质疑一些元概念，继续分析恐怖主义问题。恐怖主义作为一个问题存在，是现代性对规范不懈追求的结果，但国家与非国家的概念对垒则使传统的合法化模式受到冲击。目前，存在着国家对非国家的话语压制、西方国家对非西方国家的话语压制，而国际反恐怖公约、一些宣言和国际社会中据优势地位的恐怖主义定义，则是这些压制的外现。知识界只有获得了真正独立的地位，只有超越现代性所造成的局限，才能正确认识恐怖主义问题。
第七章试图重建恐怖主义概念。定义恐怖主义有两种动机和方法：一是作为政治的一部分，从属于宣传目的；二是文本的方法，恐怖主义仅仅是一个研究对象，并且研究者也是问题的一部分，认识永远是不充分、不完整的，追求相似性而非同一性是解决话语霸权的一个方法。这样，以追求同一性解释为主要目标的现存国际关系理论就与恐怖主义的认识需要不吻合。
最后，在结语中，《恐怖主义论》分析了中国所面临的恐怖主义威胁和人类对恐怖主义问题的应对方式，并尝试性地建立了一个恐怖主义产生模式和伦理标准。中国传统哲学中的中庸思想，不仅是人类可持续发展的根本思想准则，也是以符合全人类利益的方式解决恐怖主义问题时非常重要的思想依据。
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