基督教第二次人华传教和建立教堂是在元朝忽必烈统治时期，在此之前，当成吉思汗的金戈铁马横扫欧亚大陆、威逼西欧时，罗马教皇和欧洲各国君主深感惊恐。他们一方面组织“抗蒙十字军”准备抵御来自亚洲的“黄祸”，一方面则派遣传教士来东方，试图以上帝的名义来感化蒙古入侵者。忽必烈入主中原建立元朝以后，由于受到中华礼义之邦文化的熏陶，对待天主教的态度较为温和。通过马可·波罗父子两度穿针引线，忽必烈在1269年写信给罗马教皇，请他选送100名通晓“七艺”（文法、论理学、修辞学、算学、几何学、音乐、天文学）的传教士来华传教。忽必烈此举只是为了学习基督教的知识，而非热爱其信仰。二十多年以后，方济各会修士孟高维诺奉教皇尼古拉四世之命来到元大都（北京），开始了天主教在中国的传教活动，几年以后又建立了教堂。据孟高维诺所述，当时“受洗者达六千余人”。稍后又有西方传教士安德鲁在泉州修建了天主教堂，从此北京和泉州就成为元代天主教传教活动的两个主要据点。
天主教在元代被称为“也里可温”教（“也里可温”为蒙古语，原意为“有福缘的人”），它曾一度被某些蒙古显贵所信奉，发展势头较佳。但是随着元朝的灭亡，天主教在中国的传教活动也迅速低落下去。推翻了异族统治的明朝人以正统的大汉子民自居，对于一切外来文化均采取排拒态度，从而导致了数百年之久的闭关自守。同时，由于中亚帖木儿帝国的崛起和阿拉伯人对红海与波斯湾的控制，使得欧洲到中国的陆路和海路交通中断，客观上也阻止了基督教势力的东渐。元代“也里可温”教的传教活动和唐代的景教一样，与中国儒家伦理规范并未发生正面的碰撞，对于中国文化亦未造成任何深远的影响，因此可以说是一次无声无息和毫无结果的文化接触。
明朝后期利玛窦等人的来华传教揭开了基督教东渐的新历程，同时也标志着基督教与中国传统文化的正式交锋。15世纪以后，随着地理大发现和航海活动的开展，海上交通大开，西方人士皆视中国、印度为富庶宝地，争相扬帆东来。基督教的传教事业也随之兴旺起来。利玛窦在意大利时就饱览群书，精通西学。来华后数十载潜心钻研六经，参悟儒学精义，并且在京中广结贤能，讲学译书，深得京都名公巨卿之欢心。利玛窦谙识异源文化交流荟萃之微妙，故而能入境随俗，广引儒学思想印证《圣经》之言。“常取六经中上帝之说，以合于天主。又取《论语》‘己所不欲，勿施于人’，及《中庸》‘施诸己而不愿，亦勿施于人’诸语，与《圣经》之言相比附。至于祭天、祀祖、拜孔等仪节，教中称为拜偶像者，亦听教徒参加，不予禁阻，且善‘为之说辞。”①这样自然使得基督教易于为时人所接受，利玛窦本人也深得京都贤达的欢心，被誉为“深契吾儒理”，“飘然自儒风”的雅士。在其苦心经营下，教会势力在中国得以兴盛，到利玛窦去世时，中国开教之地’已有北京、肇庆、南雄、南昌、韶州、南都等地。
利玛窦死后，耶稣会修士龙华民继掌中国教务。他一改利玛窦的宽容政策，拘泥于《圣经》诫命和天主教教规，禁止中国信教者参加祭天、祀祖和拜孔仪式；罗马教廷也时时严令教徒不许敬拜偶像。这样一来，基督教信仰势必就与儒家伦理规范处于尖锐的对立状态。那些本来就视基督教为异端邪说的反教人士，更是以维护儒家纲纪伦常为由对天主教进行猛烈抨击，一时间反教呼声大作。时人列举了天主教会的四大罪状：其一是西洋人士借传教之名散处中国，有窥伺之嫌；其二是天主教主张毁弃祖宗祭祀，教之不孝，有背名教；其三是西人私习历法，有乖律例，创立邪说，混淆视听；其四是天主教会中擦圣油、洒圣水，混聚男女于一室，伤风败俗，扰乱纲纪。朝廷于万历四十四年（1616年）颁发禁教令，迫令西方传教士归国，基督教在华的势力从此一落千丈。
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