《眼科普济方新编》取材于明代《普济方·眼目门》。为方便读者阅读及学习，故按现代眼科学的思路，打乱原书的编排次序，将内容重新进行编排，取名为《眼科普济方新编》。
    《眼科普济方新编》分为总论、各论、眼病杂治及手术三大部分共七章，并将内服选方与外治选方分开。在内服选方中，把丸剂、散剂、汤饮剂、其他内服剂分开；在外治选方中。把点眼方、洗眼方、敷贴方、鼻疗方、其他外治方分开。
    并采用标准的简体汉字及现代标点符号。书中每一节的编排顺序，均首列内容提要以资导读，次列医论，再次列内服选方，最后列外治选方。
    《眼科普济方新编》可供中医．中西医结合眼科专业人员、科研与教学人员学习参考及临床应用。

第一章  总论
第一节  脏腑病机总论
第二节  论五轮八廓
第三节  论肝虚眼及选方
第四节  论肝实眼及选方
第五节  论肝肾虚眼黑暗及选方
第六节  论五脏风热眼及选方

第二章  外障总论及选方
第一节  胞睑疾病
论目赤烂及选方
附论胎赤眼
论针眼及选方
论倒睫拳孪及选方
论眼睑垂缓及选方
论目睑肿硬及选方
论息肉淫肤及选方
论目睑生风粟及选方
论目内生疮及选方
第二节  两眦疾病
论目脓漏及选方
论目风泪出及选方
论目眵嚷及选方
第三节  白睛疾病
论目赤痛及选方
论目飞血赤脉及选方
论赤脉冲贯黑睛及选方
论目生胬肉及选方
论暴赤眼及选方
论白睛肿胀及选方
论目涩痛及选方
论目痒急赤痛及选方
论目睛疼痛及选方
第四节  黑睛疾病
论目生花翳及选方
论目生钉翳及选方
论卒生翳膜及选方
论远年障翳及选方
论蟹目及选方
论目生肤翳及选方

第三章  论内障眼病
第一节  内障总论及选方
第二节  论将变内障及选方
第三节  论血灌瞳仁及选方
第四节  论目昏暗及选方
第五节  论目见黑花飞蝇及选方
第六节  论目晕及选方
第七节  论雀目及选方
第八节  论目青盲及选方
第九节  论目（目巟）及选方

第四章  论内外障并病眼病及选方
第五章  论其他眼病及选方
第一节  论目偏视风牵及选方
第二节  论目珠子突出及选方
第三节  论目生珠管及选方
第四节  论眼眉骨及头痛选方
第五节  论眯目及选方
笫六节  论外物伤目及选方
第七节  论时气后患目及选方
第八节  论斑痘疮人眼及选方
第九节  论丹石毒上攻眼及选方

第六章  论一切眼疾杂治及选方
第一节  医论原文
第二节  治眼病杂治内服方
第三节  一切眼病杂治外治方

第七章  论眼病手术
第一节  论钩割针镰及手法
第二节  论熨烙及选方
第三节  论内障眼针后用药及选方
附录
一、病名索引
二、疑难字释义
三、病证名称解释