细胞调亡不仅存在于高等脊椎动物的生命过程中，而且也存在于两栖类，例如蝌蚪变成青蛙时尾巴在甲状腺素控制下的退化过程中；在低等无脊推动物中也发现细胞凋亡，例如线虫具有的1090个细胞中，有131个将在发育过程中发生凋亡。
细胞凋亡在高等动物胚胎发育、造血、免疫、肿瘤发生等方面，都起着非常重要的作用。例如当胚胎发育至某个阶段，特定区域的细胞（群）就发生凋亡，这些“多余”细胞的清除有利于器官的形态发生。人胚第4周鳃弓发生时共有6对弓动脉，至第6-8周，第1、2、5对发生编程性死亡，以改建成动脉干等结构；脊髓背根运动神经元开始时数目很多，当所支配的肌肉发育相对恒定后，约一半运动神经元相继凋亡，多余神经元被清除以利于神经肌肉间匹配；再如肢体发生中，早期的手和足都存在指（趾）间蹼，只有当某些多余细胞凋亡后，才能形成正常的指和趾。在形态发生过程中，人胚的尾芽和鳃将定期消亡；而畸胎瘤的形成可能是未彻底凋亡的残留胚层结构。
免疫研究中发现，在正常免疫系统中，未成熟的胸腺细胞在其成熟的特定阶段，是通过其表面的T细胞受体接受刺激而导致编程性死亡，从而使机体能够清除自身应答性淋巴细胞，产生免疫耐受；反之如果失去这种调节机制，就会发生自身免疫性疾病。
细胞凋亡在维持器官、组织、细胞数目相对平衡方面发挥着重大作用。
在正常的成年个体中，不论是缓慢增殖的细胞群体（如肝脏、肾上腺皮质上皮）还是快速增殖的细胞群体（如小肠隐窝上皮及分化的精原细胞），由于存在细胞的编程性死亡，所以能维持细胞数目的相对平衡。
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