17世纪20年代初荷兰和西班牙殖民者先后入据台湾，17世纪初崛起于我国东北的满族旋于40年代初入主中原，面临清兵入闽与荷兰人占领台湾，郑成者首先进行了抗清斗争，在抗清斗争受到重大挫折后，为了寻找抗清在地与反对荷兰的殖民统治，毅然引兵东向，驱逐荷兰殖民者，收复台湾。17世纪60年代初至80年代初，据守台湾的郑经、郑克塽拒绝和平统一，但仍坚持遥奉明朝正朔，使当时我国大陆与台湾出现了20年的分治，双方处于时战时和的对峙局面。1674年，郑经乘“三藩之乱”进犯闽粤沿海地区，经海坛崇武海战，郑经弃金厦退守台湾，康熙乘胜出兵统一台湾。进入19世纪，西方列强开始入侵中国，鸦片战争期间英军多次侵扰台湾沿海，1874年新兴的日本也出兵台湾，中法战争期间法国也把战火烧到台湾，并占领基隆和澎湖，中国为反对外国侵略、加强台湾海防，又进行了尖锐的斗争。正当海疆危机日益严重时刻，为了加强台湾海防而促进了建省的实现，也促进了台湾近代化事业的开始。1894年中早甲午战争的失败，使台湾沦为日本殖民地，台湾人民进行了长期可泣的反斗争，经过1937-1945年八年抗日战争取得胜利，台湾得到光复，重新回到祖国怀抱。1945年台湾光复时，被日本窃占的台湾附属岛屿——钓鱼等岛屿并没有归还我国，而是与琉球一起归美国托管，而日本为凯觎和窃占钓鱼等岛屿与长期进行了一系列的阴谋活动。目前，为保卫钓鱼岛和等钓鱼岛屿的领土主权仍存在着严重的斗争。《台湾海疆史研究》就是按上述六个方面的问题，分六编加以阐述和评论的。