《南京大屠杀史料集》共涉及日机轰炸、南京保卫战、幸存者日记与回忆、幸存者调查口述、遇难同胞尸体掩埋、美国传教士日记与书信、德国外交使领馆报告、国内外新闻媒体报道、东京审判、南京审判、日军官兵日记与回忆、社会调查与统计、历史影像、英美国使馆报告、安全区和自治委员会文书等16个专题，分编成28册，近1500万字，全部为第一手的原始材料，其中许多珍贵资料在国内外还是头一次正式公布。

    6.南京市政府自治事务处存
    日机空袭损伤调查统计
    （1937年8－11月）
    ①南京市政府关于敌机空袭情形公函
    （1937年8月24日）
    快邮代电第13号等林字廿四日下午一点分送
    南京市政府市长马钧鉴：窃职查得本月二十三晚十二时有敌机飞入职处所辖境内，连放炸弹七只，除三只未炸外，其余四只一只炸在湖心，一只落在玄武门南城炸一垛口，二只落在城外马路上，计炸两洞，大者横六公尺、长八公尺、深五公尺，小者横六公尺、长五公尺、深五公尺，幸人民及建筑物均未受伤。查屡次所来敌机均从浦口和平门沿城环绕飞向玄武湖上空盘旋，察其目标似注意于北极阁及鸡鸣寺一带，而职处地域十分危险，理合将调查所得情形呈报察核并恳暂为职处另策安全办法，实为公便。
    南京市园林管理处处长陆持敬叩
    南京市园林管理处
    中华民国二十六年八月二十四号发
    公函
    第8147号
    案据林园管理处本年八月廿四日发代电报称：“窃查得云云察核”等情前来，相应函达，即烦查照。此致南京警备司令部
    市长马○○
    中华民国廿六年八月廿七日
    ②空袭情报之一
    空袭情报九月十九日上午八时二十分至十时十五分
    ……

本册说明
一、西方人士的调查与统计
（一）调查的缘起和方法
1．贝德士《南京地区战争灾祸》前言
附录一：《南京地区战争灾祸》目录
附录二：调查统计表目录
2．调查的组织和方法
（二）市区调查
1. 人口状况与伤亡损失
2．房屋及财产损失统计
（三）郊县调查
房屋及生产资料损失的调查与基本估计
（四）日军暴行的影响
1．战争造成郊区人口流失的报告
2．大屠杀后郊区人口调查分析
3．市区与郊县损失的比较
4．救济物资和救助方式的比较
5．损失调查的组织与方法分析
6．城区和郊区人口状况与伤亡调查统计
7．城区损失调查统计表
8．郊县人口伤亡和财产损失调查统计表
（五）地图

二、中国方面的调查与统计
1．南京市各机关学校防空设施调查表
2．南京市防护团各区团露天避难所调查表
3．南京市政府秘书处存南京市城乡各区日机空袭损伤统计
4．国民政府行政院存南京城郊各区日机空袭人员伤亡和财产损失调查表
5．南京市政府存日机轰炸南京平民死伤及被炸民房调查表
6．南京市政府自治事务处存日机空袭损伤调查统计
7．南京市社会局呈报浦口小学被炸损失清单等呈令
8．南京警备司令部关于日机空袭市区人口伤亡和房屋损毁详报
9．国民政府外交部存南京事件中被日军杀害人员名单
10．南京市长马超俊致南京难民区国际委员会函
11．郭沫若致陈诚黄琪翔周恩来签呈
12．南京交通银行黄钰赴京调查报告书

三、日本方面的调查与统计
1．广田弘毅外务大臣致驻北平森岛参事官电
2．驻沪冈本总领事致驻北平森岛参事官函
3．南京特务机关的宣抚工作概况
4．驻南京总领事花轮义敬致驻北平参事官函
5．日军上海派遣军发布南京攻城伤亡统计

四、维新政权和汪精卫政权的调查与统计
（一）南京政权机关的调查报告
1．南京市第四警察局长关于日军强奸案呈
2．南京特别市社会局第四区无住宿难民调查表
3．南京特别市户口分类统计表
4．升州路妇孺收容所呈送大屠杀幸存妇女名册报告
（二）南京市民有关日军屠杀及损失等事呈
1．魏贡氏等为其夫被日军拉充夫役生死莫卜等事呈
2．罗文锦为水西门外何义记木行等遭日军焚毁调查损失报告
3．王坤山等为日军强占紫竹林住宅田产及损失呈
4．陈永祥等请求保护南京市民银行秣陵村房产呈
5．许穆氏等为其夫遭日军杀害等事呈
6．张夏氏等为其夫被日军杀害等事呈
7．王陈氏等为其夫遭日军拖夫亡故等事呈
8．马王氏等为其子遭日军拖夫杳无音信等事呈
9．陶宗义关于陶万春被日军拉夫请求遣回呈
10．伊张氏等为其子遭日军抓差失踪等事呈
11．朱作鑫等为其房屋财产被日军焚毁等事呈
12．唐罗氏等为其子被日军拉差音信杳无等事呈
13．姚叶氏等为其夫遭日军炮击殒命等事呈
14．王刘氏等为其夫遭日军拉差未知生死等事呈
15．李吕氏等为其夫被日军拉夫积劳身死等事呈
16．祝胡氏等为门东莲子营住宅遭日军焚烧等事呈
17．邵郑氏等为其子遭日军抓差信息全无等事呈
18．陶焕章为湖南路民宅遭日军抢占及损失事宜呈
19．南京市民请求交涉日军强占房屋呈