《南京大屠杀史料集》分若干专题，系统地介绍了有关南京大屠杀的重要史料，内容包括中国军队为保卫首都南京与来犯日军进行顽强作战的历史档案材料；大量的侵华日军官兵的日记、书信、回忆和证言；一大批西方人士关于嘉峪关市大屠杀的文字史料；一批南京大屠杀幸存者的证言；远东国际军事法庭和中国国防部审判战犯军事法庭的史料等等，涵盖了大屠杀历史的各个方面，以无可辩驳的事实，向世人展示了当年的历史真相。本书搜集的是一批与南京攻击战、南京大屠杀相关的日本军方文件，这些文件包括军方最高层到日军基层部队的作战命令、战斗报告、阵中日志、作战计划、以及军方的电报、训示、通牒等等。本书收录的是日本军方文件均按照日军战斗序列排序。

    三、上海派遣军
    联队于12日凌晨12时45分下达了应依然继续进攻的“步三三作命甲第131号”命令。即让第二大队（所欠部队依旧，配备了一个工兵小队）仍继续攻击顶峰，然后攻击天文台北部高地，进入太平门。并且在攻克顶峰后，要特别注意对北方的警戒。
    另让第三大队（所欠部队依旧）攻克面前的敌军阵地，攻克从顶峰南麓高地延续至明孝陵北侧附近的敌军阵地，攻击天文台南部高地的敌军阵地并进入富贵山。于是将两个前锋大队的作战区界以顶峰东侧环行曲线高地南麓连接至顶峰南侧小环行曲线（二万五千分之一）的天文台（线上归左侧）。其前锋的攻击前进要利用炮兵的炮击效果。见特别命令规定的攻击时间。
    要让联队炮兵及速射炮中队于目前所在阵地协助两个前锋大队，特别是右路大队。让配属的炮兵第八中队于上五旗附近占领阵地并炮击敌军的顶峰高地阵地，协助右前锋大队作战。
    二、作战经过概要
    联队凌晨就有所准备，以期在炮兵火力的协助下相互配合迅速攻克顶峰。为此，通过师团司令部和野炮兵第三大队商定实施炮击计划。但由于地形及观察困难，炮兵的威力并未能于我阵地前充分发挥出应有的效果。在此情况下，第二大队大队长打算在让炮兵第八中队尽力协助的同时，将速射炮、大队炮兵及机枪推进到顶峰东侧山脊前线附近，使其密切协作，断然发起突击。联队长亲自来到前线附近督战，将联队预备队第二中队调给第二大队大队长，以此推进突击。
    第一线两大队排除敌军阵地前的障碍物，下午1时左右冲人顶峰东南麓松树稀少韵敌军阵地（环行曲线的高地？），近距离激战数小时，逐步扩大战果。这期间，敌军也利用步枪、机枪的猛烈射击及投掷手榴弹等进行顽强抵抗。占领着顶峰东北方地区数道阵地的敌兵从顶峰北侧方向参加战斗，同时，从顶峰南侧地区后方陆续增加了敌军援兵，战斗逐渐激烈起来。

本册说明
一、陆军省、参谋本部、大本营
1.临参命第73号
2.临参命第119号
3.临参命第138号
4.临命第595号
5.临命第600号
6.大陆命第7号
7.大陆命第8号
8.参谋次长致松井集团参谋长电报
9.大陆电第18号
10.有关适用交战法规之文件
11.陆军次官关于日本兵侵入南京美国大使馆的电报
12.参谋总长关于军风纪之要求

二、华中方面军司令部
1.中方作命第1号
2.中方参电第167号
3.华中方面军第二期作战计划大纲
4.中方作命第25号
5.关于南京攻击作战的陆海军协定
6.中方作命第27号
7.南京城攻占要领
8.南京入城后之处置
9.关于南京城攻占及人城的注意事项
10.中方作命第31号
11.方面军参谋长电报
12.中方作命第34号
13.南京入城式实施要领
14.华中方面军军法
15.华中方面军军罚令
16.华中方面军军法审判规则
17.布告(草案)
18.军法审判规则之修正
19.华中方面军司令官训示

三、上海派遣军
1.佐佐木支队命令
2.佐佐木支队命令
3.佐佐木支队命令
4.佐佐木支队命令
5.步兵第三十旅团命令
6.第十六师团状况报告
7.第十六师团作战经过概要
8.在南京的通知要点
9.步兵第三十八联队战斗详报第11号
10.步兵第三十八联队战斗详报第12号
11.步兵第三十三联队南京附近战斗详报
12.步兵第九联队第二大队战斗详报第9号
13.步兵第二十联队第四中队阵中日志第5号
14.九师作命甲第125号
15.九师作命甲第126号
16.九师作命甲第130号
17.九师作命甲第131号
18.六旅作命甲第134号
19.六旅作命甲第135号
20.六旅作命甲第137号
21.六旅作命甲第138号
22.南京城内扫荡要领
23.有关实施扫荡的注意事项
24.六旅作命甲第139号
25.六旅作命甲第144号
26.第九师团作战经过概要
27.步兵第三十五联队上海、南京附近战斗经过概要
28.步兵第七联队战斗详报
29.辎重兵第九联队行动详报
30.南京城攻击记
31.步兵第三十六联队第十二中队阵中日志
32.步兵第六十八联队第一大队战斗详报
33.步兵第六十八联队第三大队战斗详报
34.步兵第六十八联队第三大队阵中日志
35.独立攻城重炮兵第二大队战斗详报第9号附录
36.战车第一大队第一中队行动记录(概要)

四、第十军
1.丁集作命甲第31号
2.军司令官训令
3.丁集作命甲第47号
4.丁集作命甲第50号
5.丁集作命甲第56号
6.丁集作命甲第66号
7.丁集作命甲号外
8.向南京追击的问题
9.接受攻克南京的命令
10.关于“丁集作命甲第50号”
11.一一四师作命甲第59号
12.一一四师作命甲第60号
13.一一四师作命甲第62号
14.步一二八旅命
15.步第一二八旅命第66号
16.第一一四师团作战经过概要
17.第一一四师团战斗详报
18.第一一四师团战时旬报第5号
19.步兵第六十六联队第一大队战斗详报
20.步兵第一五O联队战斗详报第6号
21.六师作命甲第81号
22.六师作命甲第82号
23.六师作命甲第84号
24.六师作命甲第85号
25.第六师团战时旬报第13、14号
26.第六师团战时旬报第15号附录
27.步兵第九旅团阵中日志
28.步兵第四十五联队第二中队阵中日志
29.步兵第四十七联队第二中队阵中日志
30.南京菊花台附近谷兵团奋战记
31.国崎支队战斗详报
32.步兵第四十一联队第三大队战斗详报

五、海军及其他部队
1.支那事变中帝国海军的行动
2.南京宣抚班报告