正如前文所述，不可否认，一方面，证人豁免制度存在潜在的弊端；另一方面，在某些个案不得不牺牲刑法的正义性的同时，也应当避免过分地对刑法的罪责刑相适应等基本原则的冲击。另外，我国的民众普遍对犯罪行为有深深的恐惧和反感心理，如果全部采用罪行豁免，完全彻底免除实施了犯罪行为的“污点证人”的刑事责任，公众是否能够接受也是个很大的问题。至于采用证据使用豁免会影响“污点证人”证言的质与量，也并不是个特别严重的问题，因为对证人作伪证还可以通过交叉询问和追究伪证罪等途径来控制。因此，为了减少证人豁免制度的负面影响，我国应当采用以证据使用豁免为主、罪行豁免为辅的证人豁免制度。
我国应当设计何种证人豁免的适用程序也有不同的观点。有学者认为，为了防止检察官在证人豁免中滥用权力，我国证人豁免的程序设计可分两步走：“一是在一定时期内，由检察机关拥有豁免的决定权，侦查机关先提出豁免的初步意见，报同级人民检察院审查同意后，逐级上报省级人民检察院审查批准，重特大案件中的证人豁免应当呈报最高人民检察院审查批准。二是在我国建立了司法审查机制后，将证人豁免的决定权赋予人民法院，人民检察院根据具体情况向不同级别的人民法院提出豁免请求，人民法院审查后作出是否豁免的决定。拥有决定权的机关作出豁免决定后，提请批准豁免的机关根据豁免决定书，向需要其作证的证人送达豁免通知书，告知其豁免的意义及法律后果，要求其如实作证。”实际上，正如有的学者指出的那样，在证人豁免的程序设计上有两种可能的选择：一种方案是考虑将证人豁免吸收成为我国现行不起诉制度的一个特定组成部分，扩大我国现行的应当不起诉适用范围。
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