按照部长级会议的安排，1988年12月15日至9日，103个国家和地区的代表在加拿大蒙特利尔召开中期评审，对前半期进行的各个谈判议题的谈判和进展情况进行总结和审议，明确后半期的谈判方向。在中期评审时，各谈判方在热带产品、GAIT体制的作用、争端解决、服务贸易、关税、非关税措施等11个议题上取得突出的成果，但是在农产品、纺织品和服装贸易、知识产权、保障条款方面各谈判方分歧较大。1989年4月5日至8日，在瑞士日内瓦召开高级官员会议，就上述四个方面的问题基本上达成一致，完成中期评审的全部工作。1989年5月之后，乌拉圭回合进入所有议题的全面和实质性谈判阶段。
由于谈判议题十分广泛，而分歧又十分复杂和尖锐，使得乌拉圭回合成为自cArr第一轮谈判以来最为激烈、延续时间最长的一次谈判。乌拉圭回合谈判原定期限为4年，即1990年年底结束。实际上持续了7年半，是原定时间的2倍。乌拉圭回合未能如期结束的原因很多，最主要的是农业问题以及服务贸易问题。可以说，农业问题是这次谈判最为棘手和最难解决的问题，而这一问题中的矛盾焦点集中在美国和欧洲共同体方面。
美国和欧洲共同体矛盾的焦点是，美国要求欧洲共同体以1991年起的10年内把对农产品的生产补贴削减75%，并削减农产品出口补贴的90%。而欧洲共同体由于其农产品竞争力较弱，拒绝削减补贴。到了谈判最后阶段和布鲁塞尔部长级会议时，欧洲共同体虽然承诺削减补贴，但其方案是，从1986年起至1996年的10年内，将农业补贴整体削减30%（名义上是削减30%，实际上在1991年至1996年只削减15%，因为自1986年以来，欧洲共同体已经削减了15%），这一方案未能令美国满意。为了打破僵局，布鲁塞尔部长级会议主席乌拉圭外长曾向欧洲共同体发出“最后通牒”，要求欧洲共同体改进方案。欧洲共同体虽然表示接受建议，但当瑞典提出1991年至1996年将农业品补贴削减30%的建议时，欧洲共同体却表示拒绝。这期间，由于美国和欧洲共同体各持己见，直接导致乌拉圭回合陷入僵局，不能如期结束。
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