与此同时，集结在雷班托湾的土耳其舰队也分成了三部分。总司令阿里·帕夏统率由87艘快船和8艘小船编成中央舰队；右翼舰队54艘由亚历山大总督穆罕默德·西洛可统率；左翼舰队93艘由阿尔及利亚太守乌尔奇指挥。
10月7日黎明时分，两支舰队都摆好半月形阵势相互逼近。同盟舰队旗舰“皇家”号上绣着受难基督像的紫金色军旗迎风招展，而在阿里·帕夏的旗舰上则镶上了金字古兰经经文的白色军旗，在风中翻卷着。约翰换乘一艘小型加里船，挺立在船头，右手高举起基督塑像，在自己的船列之间巡回，鼓舞将士的士气，当他一回到自己的旗舰上，海上便立即响起隆隆的炮声，宣告战斗开始。
10时，战斗首先从同盟军左翼和土军右翼开始，同盟军左翼舰队前面的4艘中船率先开火。猛烈的炮火造成土军西洛可舰队的混乱，根本未料到敌舰如此强大的西洛可招架不住，于是边还击边退却。后来，狡猾的土耳其人企图从靠岸的浅水处绕到同盟军背后袭击，结果被威尼斯海军将领巴尔巴里哥率舰截住，与土军展开了一场殊死的接舷战。尽管在战斗中他的眼睛被炮石打瞎，但同盟军有一名勇敢的将领出来接替指挥作战。同盟军士兵在这种精神的感召下越战越勇，在一场短促的追击战后，将土军右翼舰队全歼，西洛可也受伤被俘。
就在左翼交战后不久，中央阵线也开火了。双方中央舰队经过短暂的炮火轰击后迅速接近，展开了残酷的接舷战。阿里·帕夏的旗舰直扑约翰的旗舰“皇家”号，双方以旗舰的格斗为核心，其余军舰也互相靠拢接舷，到处是刀光剑影的肉搏战。当同盟军的将领们认识到，两军旗舰决斗的结局将决定雷班托海战的命运时，他们便开始全力以赴地增援“皇家”号。约翰在得到了大批生力军的支援后连续组织了几次冲锋。同盟军以绝对的兵力优势登上了土军旗舰甲板。霎时间，喊杀声不绝于耳。混战中，土海军主帅阿里·帕夏被当场击毙。失去统帅的土军顿时乱了方寸，吓得魂飞魄散，只顾各自逃命去了。同盟军终于啃下了土军中央舰队这块硬骨头。
同盟军右翼的战况较为惨烈。由于同盟军多利亚只有64艘船，而土军乌尔奇有94艘船，因而双方刚开战不久，同盟军便明显处于劣势。加之同盟军右翼离开中央过远，无法得到策应，导致孤军作战，伤亡极其惨重。幸好土军中央舰队被及早歼灭，约翰迅速从同盟军中央舰队中派出了12艘快船前来支援，才解了燃眉之急。老谋深算的乌尔奇见大势已去，无心恋战，开始向雷班托港撤退。入夜之后，约翰在考虑了天气因素后决定放弃追击。雷班托海战就此结束。
回到雷班托湾后，鸟尔奇发现跑回来的土耳其战船只剩下了35艘。男子汉欲哭无泪，乌尔奇不得不承认这一次海战土耳其失败了。
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