“方法”具有可操作性、可判别性、目的性、创造性与经济性等基本特征，这说明对于人们认识客观世界与精神世界而言，方法的确是非常重要的。它有利于人们根据不同的认识对象、不同的研究目的，而找寻到最为有效、简便和经济的研究方法。然而，任何一种具体的研究方法也都存在着不可避免的缺陷。关键问题就在于，“方法”并不能自身说明自己，它无法确定在何种情形下应当使用哪种方法，也不能预示在某项具体研究中，这种方法的采用是否适当。同时，对于研究活动来说，最重要和最基本的，“还要求指明科学研究所遵循的纲领或规范：究竟用什么眼光看待世界，体现出什么样的传统和风格？”因此，“方法”本身并不一定就能保证认识主体能够获得预期的结果，这就产生了必需对方法进行科学说明、解释的必要，而这些正是方法论的内容。“方法”与“方法论”相联系的意义正是在这个方面呈现出来：“方法论的任务是说明这样一种方法，凭借这种方法，从我们想象和认识的某一给定对象出发，应用天然供我们使用的思维活动，就能完全地、即通过完全确定的概念和得到完善论证的判断来达到人的思维为自己树立的目的。”“方法”提供了“方法论”的体系基础，而“方法论”则重在说明方法在何种程度上具有恰当性，从而为人们思维提供相应的科学基础。根据学术史上的一般观念，英国哲学家培根与法国哲学家笛卡尔对于现代科学方法论的形成，是两位开风气之先的人物。
培根致力于实验科学方法论的研究，以便为近代科学的发展提供“新工具”。培根认为，中世纪以来的经院哲学方法强调的是三段论逻辑论证，其动因不外乎是把世界当做人类思想的奴隶，而人类思想又成为文字的奴隶。在培根看来，原先使用的从感官和对象到原理和结论的整个推理过程，都是“欺骗性的和不称职的”。具体说来，“这个过程包含着四个部分，也就有着同数的错误。第一点，感官的印象本身就是错误的，这是因为感官既不得用，又欺骗我们。……第二点，从感官的印象来抽取概念，这做得很恶劣，以至概念都是不明确的，都是混乱的，而实则它们应当是明确而有清楚界限的。第三点，现在的归纳法是无当的，它是以简单的枚举来推断科学的原则，而不是照它所当做的那样使用排除法和性质分解法（或分离法）。
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