本书尝试追索明末清初第一代天主教徒奉教的因缘、心态与历程，并析究他们如何运用其人际网络以扩张西学、西教的影响力，及其在面对异文明碰撞所产生的糅合与冲突时究竟如何自处。至于书名，乃以两头蛇作为譬喻，来形容这些夹在中西两大传统之间「首鼠两端」的奉教人士。又因天主教的入华，只是近代欧洲海权扩张中的一支插曲，故书中亦努力将触角延伸到中国以外的世界，希望能提供读者一个较为宽广的历史视野。同时，也试探「e-考据学派」可能的研究路径。
　　本书在学界引起的反响之大，在近些年出版的学术著作中是罕见的，出版两年来，海内外先后有十几种刊物发表了对本书的书评。
　　本书入选《中华读书报》评2006年100本好书！
　　专家推荐：
　　何炳棣（美国芝加哥大学讲座教授）：
　　此书是一部世界水平的专题研究，它成功地利用网络和电子数据库，博采穷搜各种语文的原始资料和近代著述，在国史专题研究领域之内，本书所引1099种资料之多，可能是一纪录。惟有在如此丰富多彩的史料基础之上，作者才能充分表现历史视野的辽阔和文献诠释的深度。作者“语多逾格，情则剀切”的《自序》尤其值得细读反思。
　　余英时（美国普林斯顿大学讲座教授）：
　　此书体大思精，既有整体观察，又有严密考证，引用资料之丰富，更令人望洋兴叹，必可传世，可以预卜……论魏学濂两极评价，颇能持平，心存恕道，此即章学诚所谓“史德”也！
　　学界评论：
　　夏伯嘉（美国宾州州立大学讲座教授）：
　　比之当代研究明清天主教史的学人，黄氏读书的精博，难有他人媲美。除了有系统的爬梳明人文集之外，黄氏对明末清初天主教中文文献的掌握（包括对版本的考订与对前人论说的更正），仅有一、二人有此治学的功夫。
　　此书治学严谨，精研广阅，补改前误，以天主教史作为一透视点，用生动活泼的文笔为明清史研究创造了新的画面，是极有学术水平的一流创新著述。
　　──《九州学林》（香港），第4卷第2号(2006)，页336-347。
　　章开沅（前华中师范大学校长）：
　　我在这里向大家推荐一本书，是台湾清华大学的学者黄一农的《两头蛇：明末清初的第一代天主教徒》。书名将中国当时的天主教徒比喻为两头蛇，一头向着上帝，一头则向着自己的民族情结，这是很难相处的景况。黄一农出身理工科，但他提出了自己的新方法，用他的话来说就是“e考据时代”。他在研究过程中，充分利用计算机的可靠而大型的数据库，查找到了很多与群体、家族相关的第一手资料。换成别人，就很满足于这些材料了，因为对很多人来说，这些材料是一辈子也看不完的。但黄一农是有所选择的，他还要进一步地追根究底地去查阅原文献中的这条材料。计算机对他来说只起了一个索引的作用，他没有忽略这些材料的前言后语。这本书所包含的方法论对我们有很大的启发。我们可以对考据学和解释学展开讨论，使它们进入一个更高的层次，从而使史学走上更好、更健康的道路。
　　──摘录自章先生2006年4月26日在四川大学所做“中国史学的发展趋势”之讲稿。
　　黄时鉴（浙江大学教授）：
　　这实在是一部匠心独运、考证精微、满盘珠玑之作。作者下足考证之功，持续发力，精彩纷呈。其征引之广，比对之细，思虑之密，解析之巧，在在令人感佩不已。就考据而言，在一部史学著作中竟有如此多的闪光点，简直是难以想象的。据作者自述，那是得了“e-考据”时代的先声，或者说他是自觉地运用了“e-考据”方法。
　　相比于一些读者已经比较熟悉的“大历史”著作而言，本书的构架可以说是“小历史”；但通过对这些人物的发掘和再现，又将他们放到那时的社会背景中去进行考察和分析，这样的“小历史”著作读来更加具体和近真，更加深刻和厚重，也更加动人心弦和发人深思。
　　本书不仅有新的材料、新的观点和新的研究方法，作者还在历史著作的写作体例上进行了别开生面的尝试。本书在正文中插入44个附录，作者设计将随插的附录一一加上呈灰色的网线，以示与正文有别。这些附录既不能直接当作正文，但又是与正文有密切联系的，或是史料的介绍，或是史事的铺陈，或是背景的衬托，或是思考的余绪，或是方法的说明，以至于是感情的抒发，等等，真是不平常的巧妙手笔。有的附录文字，读来甚至比正文更给人以启示。
　　还要说到本书的后记，笔者注意到的是全书没有后记，而是在诸章写毕分别加了后记。都是在治史和写作过程中以至学人交往中得到的深切感受和体认，有感而发，有识而记。情深思精，读来扣人心弦。
　　──黄时鉴，《历史天空的“两头蛇”》，《九州学林》（香港），第4卷第3期(2006)，页302-309。
　　周振鹤（复旦大学教授）：
　　这本书的研究对象过去无人专题涉及。作者是科技史专家，却由此而进入纯粹的历史学范畴，其考证之精详有如干嘉学派之作风。明末清初第一代天主教徒的心路历程由此书而得以明白，至于他们的家世与个人遭际，则事无巨细尽在书中，甚至有点精详过了，正是对当前有些研究中外文化交流与汉学史的著作写了跟不写一样的现象的讽刺。建议有兴趣的人至少读读其中的一章。
　　──摘录自《席殊好书俱乐部》《好书》电子版2006年第4期
　　古伟瀛（台湾大学教授）：
　　作为教会史的研究，此书首先看得到的一种创新，就是将以前的研究典范作了一个很好的转移，亦即，从中国基督徒以及中国的大环境的角度来看教会史。这种趋势已成为共识，但是真正贯彻这种转变的恐怕以此书最为彻底。
　　另一个在方法上的创新，是大量使用电子时代所提供的方便，当然数据库中的文字之洋，需要有深厚的史学基础加上「清晰的问题意识与灵活的搜寻技巧」……除了方法，此书在史学理论的层次上，也有意义。今日无人能再主张历史是客观的这种「高贵的梦」，各种后学理论都在挑战语言文字的透明性、稳定性、指涉性及承载真实的程度。然而，此书所为我们建立的历史知识，虽然无法回答全部的问题，也有时运用一些历史想象来补充不足，但就其内容而言，是非常扎实而有根据的……在在均是一种针对后现代主义对历史著作所做的批判的反驳。
　　此书理性与感性兼备，既具有科学家的精确，也有人文学者直觉诗意的体会。所达到的学术成果超越前人甚多，肯定将成为此领域中受国际瞩目的重要史学著作。
　　──《台大历史学报》（台北），第37期(2006)，页351-356。
　　──《知识通讯评论》（台北），第33期(2006)，页54。
　　──《南方周末》，2007年3月8日。
　　张国刚（北京清华大学教授）：
　　东西文明的碰撞在中国这一侧，主要表现在思想宗教层面……由于士人才是思想和宗教的承载体，对于士人如何感受到中西不同文化的冲击，并给明清之际奉教人士及其生活带来何种困扰，先前学界鲜有研究，即使有少数论文涉及于此，也未见深入。此书则弥补了这一缺失，成为一部具有开创意义的力作。
　　《两头蛇》不仅在许多史实有独到的发明，在研究方法、写作手法上也有诸多创新之处。全书十三章。除了首尾两章比较多的背景铺垫、归纳概括外，其余各章大都主要以人物为中心进行考察。注重各个当事人的人脉关系和社会网络，始终把人及其内心世界的冲突作为探讨的重心所在，是此书的一大特色。作者更是一个讲故事的高手，笔下的文字饱蘸感情。作为学术著作，该书引人入胜的人性化写作方式，既得其雅正之质量，又不失其通俗的魅力。
　　作者一再提出“e考据时代”的概念，强调在传统史学的基础之下，再透过各种数据库及网络资源，将可有效深入梳理历史人物的人脉网络，甚至探索其心态，开展“有感情”的历史研究……该书在严谨的学术论著风格之外，还具有提供方法指导的意义，这些创举都是在其它学术著作中见不到的。
　　──《博览群书》（北京），2006年7月号，页31-35。
　　孟德卫（D.E.Mungello;美国Baylor大学教授，SWCRJournal主编）：
　　ThehighqualityofscholarshipandinterpretativeinsightofTwo-HeadedSnakesmakeitoneofthemostsignificantbooksinChineseonthehistoryofChristianityinChinatobepublishedinthelasthalf-century.
　　《两头蛇》一书高水平的学术成就与洞察论证，令其成为过去半个世纪里最重要的中国天主教史中文著作之一。
　　──Sino-WesternCulturalRelationsJournal(U.S.A.),18(2006),pp.74-76(inEnglish).
　　祝平一（中研院史语所副研究员）：
　　黄一农的作品以精详的考证见长，密不透风的史料，搭成一座璀璨的七宝楼台。此书甫出，即受到海内外名家品题，其重要性不言可喻……在成千迭万的论文中，黄一农的新着最重要的贡献就在打破不断中文学界「永恒轮回」的恶梦，逼着学者必须站在以往的研究基础上更进一步，考察问题或挖深材料，而不是去重复别人用过的材料和论点。
　　──《新史学》（台北），第17卷第2期(2006)，页251-255。
　　李奭学（中研院文哲所副研究员）：
　　研究早期中国天主教的学者，多半喜欢美化耶儒的关系，颂扬利玛窦以来耶稣会的合儒或适应策略，黄一农却是拆穿这个百年「谎言」的第一人……《两头蛇》改写历史，破除了曩昔许多「为贤者讳」的史学神话，新人耳目也功在学界……黄一农重构了历史，他同时也让笔下的杰作瓦解了历史。
　　──《中国文哲研究集刊》（台北），第30期(2006)，页303-307。
　　马雷凯（RomanMalek;德国波昂大学汉学系教授，华裔学志研究院院长）
　　HuangYilongsincethe1980sisworkingonChristianityinChinaandhasaworldwidereputationduetohisnumerouspublicationswhicharecharacterizedbyexactnessandtheformulationofnewquestions.HewithoutanydoubtbelongstothetopscholarsinthehistoryofChristianityinChina.
　　ThisworkthenstandsinthebesttraditionofChinesescholarship–onemightonlyrecallChenYuanandFangHao–andisamilestoneinthesystematicresearchanddescriptionofthehistoryofChristianityinChina.ItcanbefullyrecommendedtoallthosewhoworkonthehistoryofChristianityinChina,especiallythoseteachingandstudyinginthisfield…ItismyurgentpostulatetoprepareatranslationofthisworkintooneoftheWesternlanguages.
　　──《汉学研究》（台北），第24卷第2期(2006)，页497-510(inEnglish)。
　　──ChinaHeute,XXV(2006),Nr.6,pp.245-249(inGerman).
　　MinghuiHu（胡明辉，加州大学SantaCruz分校历史系助理教授）
　　──MinghuiHu,“ImpossibleChoice,”TheInternationalJournalofAsianStudies,no.4(2007),pp.259-273(inEnglish).
　　徐文堪（汉语大词典编纂处）
　　黄氏的新着继承了前人的优良学风，既有视野广阔的整体观察，又有严密细致的考证诠释，因而在总体上超过前贤，把明清天主教入华史的研究提升到了一个新的水平。
　　本书在研究方法上的突破，主要在于以科学的治学精神，系统运用电子数据库，并且结合思想史与社会史，努力追索明末士大夫的人脉网络与各个士人对天主教响应的思想与社会背景。因此，本书不单做了大量踏实的考证工作，而且进而观察和分析了中西文化交流的深层意义。
　　──徐文堪，《历史研究的新与旧：读黄一农〈两头蛇：明末清初的第一代天主教徒〉》，《中国图书评论》，2007年第5期，页119。
　　章可
　　《两头蛇》最吸引人，或者也最具贡献的地方，就是展现了天主教徒们生活的更多面，于叙说“理知的困局”之外，揭示出很多更具体，有时却会更有决定意义的矛盾难处，比如纳妾。
　　读出色的考据文章，有时感觉如读侦探小说一般，层层推进，抽丝剥茧，扣人心弦。当然，这背后少不了有考据者深厚的功力来支撑。前人诸多含糊其词或悬而未解的关节，到了一农先生笔下却往往能豁然开朗条理分明。
　　──章可，《两头蛇的前世今生》，《读品》，第15辑(2006)，页14-16。
　　──《南方都市报》，2006年12月。
　　李业业
　　一农先生以允持阙中之笔书写“两头蛇”族的行止，治史而有间，在大叙事的框架中，绵密地爬梳出小人物的心理脉络，多向度探究“蛇也两而一，相牵无穷已”的可能成因，于细部读解历史的多样性与复杂性，可谓探骊取珠，深孚众望。
　　黄一农素来推崇“有情感的历史”，即关注史料背后人物心态的变化……集合了宗教、科学、伦理、权力机制等方方面面的大历史，投影到小人物的生活中，并以作者体验式的想象入乎其内，语丰意赡，勾画生动……作者对研究过程中学科方法的探讨，和深入历史时内心情感的抒发，使读者在故纸堆里看见了一位活泼泼的史学家。
　　──李业业，《两头蛇的行止》，《读品》，第18辑(2006)，页25-27。