《中国政府项目的运作逻辑：一个组织学分析》：
其二，在具体划分上。2014年《国务院关于深化预算管理制度改革的决定》要求，逐步将一般性转移支付占比提高到60%以上。不知这个数字是如何论证得出的，不过我国对补助结构的表面调整与随意划分使数字本身具有很大“欺骗性”。有些被列入一般补助的支出其实被指定了用途，因此具有专项性，比如产粮大县奖励资金、县级基本财力保障机制奖补资金等。就以2014年为例，当年专项补助数额为19569.22亿元，一般补助数额为27217.87亿元，但其中9188.49亿元被指定用途（国家审计署，2014），就是说61.47%的数额具有专项性。这个数字在2012年为64.42%，高于2008年的53.4%，这就导致地方收支缺口更加难以通过一般补助得到补充，两者的差距在2011年高达3935.67亿元（国家审计署，2010-2012）。因此，财政部的决算报告不能反映真实的补助结构。
在专项补助的运作实践中，我国具有非常浓厚的“科层为体、项目为用”特征（史普原，2015）。
首先，部门之间分工不明确，专项分配权高度分散。2013年，具有专项性质的转移支付明细项目有363项，其下还有子项，比如，“中央基建投资”1项就包含110个子项。这些项目分散控制在40多个部委的几百个处室中。以“农林水事务”类专项为例，其中66个专项在中央本级由9个主管部门的50个司局、114个处室参与分配管理，下达到地方后仅省一级就涉及近20个主管部门，省以下也需层层审批，不能越级（国家审计署，2013）。这加剧了“条条”的膨胀，由于影响到部门预算和利益分配，项目主管部门过于依赖下级对口部门①，对项目严格把关的激励减弱，有些甚至合谋套取资金。②这还表现为专项之间交叉重复，甚至同一部委内部都有重复和冲突现象，中央政府试图运用“整块补助”的方式改变这种格局，虽有所进展，但没有取得实质成效。③
其次，具体分配上过于强调项目法，并且自由裁量空间过大。有些本应采用公式法的，却要采取项目法，一个子项就涉及成千上万到项目，没有发挥地方信息优势，自身又不能很好监管，导致上马了很多无效、低效项目。项目本应具有灵活性，但是部委的这种灵活性已经超出了合理范围，表现为下达不及时，追加比例高，这些不能进入地方预算程序，导致地方政府难以科学规划和安排，甚至产生累年结余或闲置，不利于监督；年初大量预留资金，随意改变用途，有些甚至挪用于职工福利；相当部分项目没有公开分配标准和管理办法，不仅为申请带来困难，不能充分发挥竞争效应，而且自由裁量权过大，带来很多人情项目，也增加了资金风险（国家审计署，2000-2014）。
最后，由于央地、部门间事权均模糊，权责不平衡，更加导致部委一方面滥设配套资金条款，另一方面又不能对地方配套资金不到位施加有效约束。2001年《中共中央办公厅、国务院办公厅关于确保机关事业单位职工工资按时足额发放的通知》指出，除党中央、国务院另有规定外，各部门保留的专项拨款，一律不得要求地方予以资金配套。但是部委不仅没有清理已经实行的专款配套政策，还继续颁布新的配套政策（李萍，2010）。对于配套资金，有明文规定。2000年《中央对地方专项拨款管理办法》指出，按规定应由地方按一定比例安排配套资金，或地方已承诺配套资金而在执行中不按规定比例或承诺配套资金的项目，财政部不安排专项拨款。
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