《自然哲学体系初稿》（1799）是谢林早期自然哲学的成熟版本。谢林从作为无条件者的自然出发，创新性地使用动态原子论模型来解释无机物质，又将物质的起源归入普遍的宇宙有机体的历史中，明确了自然哲学中有机自然的优越性地位。在广泛追踪同时代自然科学，尤其是生理学和解剖学成果之后，谢林以“可激发性”为有机体的核心概念，对“有机体”和“生命”的本原进行了更为体系性的建构，以对抗布朗主义者对有机活动的片面理解。最终，谢林将无机自然与有机自然的统一关系收束在他标志性的潜能阶次学说之中。
本书的体系性体现在，一方面，谢林指出自然哲学的最高任务是追问二重性与异质性的原因，确保自然哲学的本原性追求；另一方面，从原初统一和二重性的辩证出发，谢林完成了对化学过程和动态过程的建构，提供了先天动态阶序的完整图示。在自然哲学的这一成熟形态中，我们既可以看到早期哲学对本原活动的坚持，也可以看到下一阶段的同一性哲学对体系性哲学的探索。
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