《天闻阁琴谱》中的乐曲来源可分为三种类型：第一类是摘录自更早时期的如《自远堂琴谱》、《春草堂琴谱》等谱本中的乐曲；第二类为张孔山亲自整理的《流水》、《醉渔晚唱》、《潇湘夜雨》等共八曲，其中《流水》的“七十二滚拂”一段对19世纪末至20世纪的中国琴坛产生了深远的影响；第三类则是清代云游至蜀地的琴家如曹稚云、王仲山、莲池僧等所传之谱。本书题为《天闻阁琴谱乐诠》，所诠之乐即为《天闻阁琴谱》中除摘抄琴曲之外独有的原创或加工改造之琴曲。

平沙落雁[张孔山传谱、曾成伟打谱]
平沙落雁[张孔山传谱、宋文庭打谱]
平沙落雁[张孔山传谱、董兆威打谱]
潇湘夜雨[张孔山传谱、曲燕打谱]
化蝶[张孔山传谱、李婵打谱]
渔樵问答[张孔山传谱、赵聚灵打谱]
宫音初调[唐松仙传谱、张婷婷打谱]
商音初调[唐松仙传谱、张婷婷打谱]
角音初调[唐松仙传谱、张婷婷打谱]
徵音初调[唐松仙传谱、张婷婷打谱]
羽音初调[唐松仙传谱、张婷婷打谱]
双鹤沐泉[唐松仙传谱、李婵打谱]
髯仙歌[唐松仙传谱、曲燕打谱]
平沙落雁[唐松仙传谱、李妮莱、颜丽西打谱]
山居吟[唐松仙传谱、李妮莱、连家杰打谱]
山居吟[唐松仙传谱、杨茗茜打谱]
佩兰[唐松仙传谱、李妮莱、杨丰恺打谱]
渔樵问答[唐松仙传谱、曾河打谱]
金门待漏[王仲山传谱、张婷婷打谱]
望云思亲[王仲山传谱、李婵打谱]
静观吟[曹稚云传谱、董雯雯打谱]
塞上鸿[曹稚云传谱、邓丽珠打谱]
塞上鸿[曹稚云传谱、吕博文打谱]
平沙落雁[曹稚云传谱、董雯雯打谱]
潇湘水云[曹稚云传谱、邓丽珠打谱]
颐贞操[合璧谱本、李妮莱、颜丽西打谱]
高佩山[许荔牆传谱、何宜航打谱]
兰[琴苑谱本、杨茗茜打谱]
庄周梦蝶[莲池僧传谱、王婷打谱]
怀仙操[佚名传谱、王婷打谱]