《高校巡察工作实务手册》由正文和附录两部分组成。
正文部分参考《中国共产党巡视工作条例》结构，分为“高校巡察工作基本意涵”“高校巡察工作机构队伍”“高校巡察的范围和内容”“高校巡察的方式和权限”“高校巡察的程序”“高校巡察工作的责任与纪律”等六章。这样做便于读者根据《中国共产党巡视工作条例》这部上位法规，逐条逐项理解和把握当前高校巡察的制度架构和探索实践。
第一章，高校巡察工作基本意涵。本章从中国古代巡视制度源起开始，简要叙述中国历史上巡视制度演进过程，梳理我们党的巡视制度发展历程，叙述了中国特色社会主义进入新时代后巡视巡察肩负的光荣职责和使命，在此基础上论述高等学校开展校内巡察的重要意义和价值，介绍了高校巡察工作的目标、要求和基本遵循。
第二章，高校巡察工作机构队伍。本章系统讲解了高校巡察机构设置和人员配置要求，梳理了高校巡察工作领导小组、巡察工作办公室、巡察组的职能职责等，介绍了巡察干部的能力素质要求以及巡察干部队伍建设的做法。
第三章，高校巡察的范围和内容。本章介绍了高校巡察的范围和巡察对象，对贯彻落实中央深化政治巡视、强化政治监督的“四个落实”进行了细化阐述，突出高等教育特点和工作实际，着重介绍了高校巡察需要重点关注的领域和工作，帮助高校把握开展巡察的关键点，确保始终做到方向不偏、标准不降、内容不虚、重点不散。
第四章，高校巡察的方式和权限。本章主要介绍了常规巡察、专项巡察、交叉巡察等巡察组织方式及要求，系统梳理了听取汇报、个别谈话、受理信访、向知情人询问、调阅资料、民主测评、列席会议等巡察了解工作方式。另外，本章对巡察组的权限进行了阐述。
第五章，高校巡察的程序。本章系统介绍了高校从巡察准备到巡察现场了解，到巡察报告、反馈，再到巡察移交、整改以及立卷归档的巡察全流程，力争为高校巡察提供符合要求、内容精炼、操作简便的工作程序参考。
第六章，高校巡察工作的责任与纪律。本章介绍了高校巡察工作的责任体系，特别是学校党委、党委巡察工作领导小组以及学校相关部门在巡察工作中的组织领导、配合协调责任。同时，本章介绍了巡察工作人员和被巡察单位党组织的纪律要求。
附录部分提供了高校巡察部分重要工作文稿的式样和流程图。
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