当她接受三峡论证任务时，家里孩子反对，“你做了那么多工程也可以了，还想再找个挨骂的事？”钱正英坦言自己经手的大小水库数不清，但修一个水库就挨一次骂。那几年，她日子不好过，但她觉得有责任弄清三峡是怎么回事。
21位特邀顾问，412位各行业专家，14个专家组，花了两年零8个月，对以往的研究成果进行了全面复核和重新评估。三峡工程，已争议数十年。最后一次论证中，仍有9位专家没在报告书上签字。
报告提交后，国务院认为决策兴建三峡工程的条件已基本具备，遂将关于兴建长江三峡工程的议案提请七届全国人大五次会议审议。1992年4月3日，以1767票赞成、177票反对、664．票弃权、25人未表决通过《关于兴建长江三峡工程的决议》。
此时，钱正英已经离开水利部，担任全国政协副主席。
关于三峡工程的争论至今仍时有耳闻，2009年，在《中国水利60年功过》中，钱正英说，“我们已基本完成近代水利，水资源开发利用已达到世界水平前列，三峡工程就是一个标志。我们现在的问题是，新的矛盾出现了，有的地方水资源过度开发……中国正处于从近代水利到现代水利的转变过程中……关键是要转变观念，树立人与河流和谐发展的观念。”
违背父愿走上治水之路
2014年6月，在中国工程院第十二次院士大会上，钱正英因其在水利上的贡献，获得全国工程科学技术界大奖，也是我国社会力量设立的工程界最高奖——光华工程科技奖成就奖，成为首位获得该奖的女院士。
某种意义上，钱正英实现了父亲曾经对她的期待——成为中国第一批女工程师，但同时，她也违背了父亲的嘱咐——绝对不要搞水利。
她的父亲钱夔曾就读于南洋大学(编注：今上海交大)土木工程系，后留美主攻水利，怀揣着科技救国的梦想回国。自然地，他把这一梦想也传给了他回国后诞生的第一个孩子钱正英：那时中国还没有女工程师，钱正英读书时，数学成绩非常好，父亲说你将来要当中国第一批女工程师。
然而，回国后他在国民党政府搞水利工作，却看到官场腐败、包工作弊、工程难办，遭受一系列打击，决心不搞水利，也告诫女儿决不可做水利。但父亲从小灌输的梦想却刻在钱正英心里。
1937年卢沟桥事变爆发，打乱了钱正英的梦想。南京沦陷以后，全家逃难回到上海，家里供不起几个孩子读书，钱正英靠着奖学金和做家教，继续求学。1939年，她考进上海大同大学土木工程系。
中国虽大却容不下一张安静的书桌，国家危亡，冲击着钱正英科学救国的信心。在革命思想的影响下，经过激烈的思想斗争，她最终选择了“革命”这个令她的家族瞠目结舌的道路。她“革命”学业两兼顾，一直名列“优绩生”名单。
然而，1942年，她大四时，可能被敌人追捕，组织要求她和同志们撤退到解放区，她不得不放弃学业。钱正英在革命浪潮中，告别梦想，“投笔从戎”，但内心总是遗憾的。1941年，她入党时，申请书上她首先写明的便是自己“生不逢时”，出于国家责任，才选择革命。
多年后，钱正英在《走上治水道路》中记述，她到达淮北解放区，向新四军第四师师长彭雪枫报到时，把遗憾告诉了他，“他安慰我说：将来我们要在半城建造一个大礼堂，你还是可以施展你的才能。”
没想到，1943年，淮河发大水，淮河决堤，两岸成了泽国。1944年，人民政府决定以工代赈，修复淮堤，这个土木工程专业肄业的优绩生成为技术负责人。有次房东大嫂说，女人不能上闸顶，不吉利。她很好奇，自己天天去，却没人管她，大嫂说，你不一样，你是给我们治水的。正是这件小事，让钱正英知道老百姓多么看重治水。
白天在堤上搞工程，晚上和军队打游击，以防敌人偷袭。钱正英写了首打油诗抒发胸怀：“夕照映远山，大堤临长淮。足下黄水去，天边白云来。跃跃女儿志，浩浩祖国怀。笑指对岸敌，中华屹然在。”
河堤修好后，钱正英被调到淮北行政公署当水利科长。
能从事自己喜欢的技术工作钱正英很开心。她拿着军用地图，把淮北解放区的几个县走了个遍。她还在当地士绅家里找到些水利书籍，边干边学。抗战胜利后，钱正英在苏皖边区，负责运河南段堤防修复。她没事就研究水利，骑车在苏北大地上转，找参考书，了解淮河历史。
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