1782年，普里斯特列出版了另一本备受争议的著作——两卷本的《基督教腐化史》。这部著作猛烈抨击了英国国教的宗教信仰。随后在1786年，他又撰写了《基督教关于耶稣基督早期看法的历史》，声称耶稣只是一个普通人。普里斯特列每年都要出版捍卫唯一神教派的小册子，他面临的政治和宗教压力渐渐变大。
就在以攻克巴士底狱为标志的法国大革命爆发两周年的那个晚上，普里斯特列和几个朋友约好在一家当地的小酒馆里一起吃晚饭。但不知由于什么原因，普里斯特列那天晚上并没能去酒馆和朋友们一起吃饭，而是在家和妻子玩r一晚上双陆棋。突然，他们听到了外面的嘈杂声。一个邻居冲进来告诉他们说那个酒馆已经被一帮“教会与国王”暴徒袭击了，他担心普里斯特列才是暴徒们真正的目标，所以普里斯特列一家人马上躲避到朋友家，然后，普里斯特列偷偷溜出了城，去了伦敦。正是在那个晚上，暴徒们毁坏了普里斯特列的家、实验室和教堂。
普里斯特列一家又一次被迫搬家。普里斯特列很快在黑克尼的碎石沟教区找到了一份布道的T作，但是，他们一家人在那里的生活并不舒坦。此时的普里斯特列坚决支持北美脱离英国的殖民统治，同情法国大革命，并同英国国教背道而驰。他自己的宗教观念已经变得不受欢迎，而且，他为了宣扬自己与众不同宗教信仰过于出风头。普里斯特列在英国皇家学会的同事都开始回避他，他和他的妻子在自己的祖国也变得越来越不受欢迎。在这种情况下，普里斯特列夫妇开始考虑去美国生活是否能够更快乐，他们的3个儿子在几年前已经去了那里。
移民美国
1794年4月，普里斯特列和玛丽·普里斯特列踏上了开往美国的客船。尽管夫妇两人实际上是被驱逐出英国的，但是他们在美国还是受到了热烈的欢迎。普里斯特列夫妇在纽约待了几个周之后去了费城，因为普里斯特列是由富兰克林创立的美国哲学学会的成员，他想到费城去见几个学会成员，尽管他的亲密的老朋友本·富兰克林已经在1790年去世了。在普里斯特列夫妇的房子建好之前，他们同自己的儿子普里斯特列生活在一起。普里斯特列在月亮学社的朋友约赛亚·威基伍德等人从英国给他寄来了一些令人惊奇的实验设备，这帮助普里斯特列建立了一个小小的实验室。在到达美国两年半后，普里斯特列夫妇最小的儿子亨利死于肺炎，9个月后，玛丽也去世了。
尽管，普里斯特列在美国的大部分时问花在了实验室、撰写宗教文章和与像托马斯·杰弗逊、本杰明·路西以及约翰·亚当斯这样的同事通信上，他还是在继续追踪化学发展的最新动向。普里斯特列希望能够确定在各种金属中燃素的含量。1799年，他通过在空气不充分的条件下燃烧木炭又发现了另外一种新的气体——一氧化碳。具有讽刺意味的是，尽管燃素说已经被自己的研究所证伪，普里斯特列还是满腔热忱地为其辩护。他最后一一篇科学论文的题目是“燃素说的理论已经被确立起来”，但很显然，事实并不是这样的。若干年后，拉瓦锡对普里斯特列发明氧气的贡献终于被给予了肯定，但是不同的是，拉瓦锡通过氧气的发现引发了化学学科发展的新革命，而不是像普里斯特列那样一生都在为燃素说辩护。
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