（1）“武陵蛮”说。汉晋时代盘瓠传说已为当时的武陵、长沙、庐江一带的“蛮人”所信奉，他们在其后的发展中，主要是形成了后来的畲族和瑶族。“武陵蛮”（亦称五溪蛮）与畲瑶两族都有内容相似的起源传说，都以盘瓠为原始图腾，且有许多相同的习俗。在史籍中畲瑶往往并称，甚至畲瑶不分。直到清代，人们还常把畲人称为“瑶人”，对他们不加区分。福州地区许多畲姓族谱中，他们也自称“瑶户”和“瑶人子孙”，现分布在广东海丰、惠阳、增城、博罗的畲族仍称自己为“粤瑶”。从畲瑶两族的姓氏看，盘姓虽是畲族四大姓氏之一，但实际上畲族中盘姓的人并不多，但在瑶族中盘姓却很多，其他如蓝、雷等姓氏也是两族所共有的。据此，可以认定畲瑶同源并与汉晋时代长沙的“武陵蛮”有很深的渊源。
随着“武陵蛮”势力不断地南移，至唐宋时期，湘南地区已成为其居住的重心，以此为起点，畲瑶开始分道扬镳。由于迁徙路线不同，在不同的生活环境中，他们逐步形成了各自不同的族群特点，此为畲瑶分流之原因。
（2）“东夷”说。“东夷”说是进一步把畲族渊源追溯至春秋战国时期生活在淮河与黄河之间的“东夷”族群，该族群迁到湘西、鄂西后，融合了三苗、氐羌（犬戎）的成份，形成了“武陵蛮”中的一支“莫徭蛮”。“莫徭”族称始于唐朝，《梁书》载：“零陵、衡阳等郡，有莫徭者，依山险为居。历政不宾服，因此向化。”《隋书》记载：“长沙郡又杂有夷蜒，名日莫徭。自云其先祖有功，常免徭役，故以为名。”这里所谓的先祖有功指的就是盘瓠立功的传说，“莫徭”包括了当时居住在武陵、长沙一带的苗、畲、土家等族的一部分先民在内，到了唐朝以后的史籍中，“莫徭”之称被“瑶”“瑶人”“蛮瑶”等族名所取代。
2.土著说
此说认为闽、越乃我国南方的两个古老民族，畲族是古越人或古闽人的后裔。所以此说又可分为“古越土著”和“古闽土著”两大系统。
“古越土著”说根据古越人和畲人的居住区域等方面，认为畲族为古越人后裔。“古闽土著”认为，福建的越族是战国晚期楚败浙江越国后，其子孙分水陆两路人闽，成为福建的一个客族。《说文解字》中对“闽”的解释为：“闽，东南越，蛇种。从虫门声。”所以，“闽”是指东南越族的名称，他们以蛇为图腾。
不过“土著说”还是有许多地方存在疑问，如越人主要从事种植水稻和渔业生产，而畲民从事农耕和狩猎，这与越人的生产方式缺乏渊源关系。另外，闽族以蛇为图腾，这与畲人以龙麒为图腾不同，而且畲人反感别人称之为“蛇客”，所以该族群对蛇没有形成崇拜和认同感。
综上所述，我们大致可以看出畲族源流的发展演变脉络——该族群发祥于古代南方蛮族，秦汉时分化，其中一支演化为“武陵蛮”或与越人融合为闽越人。
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