传统中医已经分成许多学科，并且有愈分愈细的趋势。
把传统中医按不同科别加以分类，尽量进行微观而具体的研究和描述，无疑借鉴了自然科学体系的发展和演变方式，也明显受到了西医的影响，这是目前国内继承和发展中医的主要思路。
经过数千年的发展实践，中医的理论体系已经形成了一个庞大的结构。应用现代元素分析的方法，从局部细节的角度对传统中医的各部分进行考察，以求揭示其中共同的基础和根据，对于繁复的中医理论体系应该说是一个简明易行的研究途径。然而，如果分科过细而走入极端，只是强调各个单科的局部研究而忽视了传统中医的本质特征，这种割裂整体和分别孤立的思维方式不仅不利于全面和深入地认识和把握中医理论，实际上也会极大地阻碍中医的进一步发展。
中医的理论体系不是分散孤立的诸多部分，而是一个彼此关联而又密不可分的统一整体。就实质来说，中医更是整体化的医学。传统中医主要是通过整体观察和直觉感知的辩证思维方式来认识人体生命活动的规律性，并在具体指导临床的过程中形成了自己的理论体系。不论是解释人体与自然界的结构模式，还是说明人体内部的生理活动和病理现象，或是阐述疾病的临床证治，整个中医理论体系都显著地带有整体系统的思维特征。重视宏观的整体认识，强调事物间的普遍联系始终是中医理论建构的基本思路和指导原则。在把传统中医分成许多科别而对各个局部分别进行研究的时候，客观上已经破坏了中医理论的整体结构，妨碍了对人体整体生命现象规律的深入探讨；如果再根据西医的微观方法无限制地进行分科，传统中医最终只会成为—堆互不相干的零星碎片。
举例来说，传统的针灸学被分成了经络学、腧穴学、刺法灸法学和针灸治疗学四个科别，这种分科便颇有值得商榷之处。针灸疗法是中医临床的主要治法之一，所谓的经络学、腧穴学、刺法灸法学和针灸治疗学都应该归属于针灸疗法临床应用的范畴。经络和腧穴阐述的是人体各部的联系通路、腧穴的定位主治以及在此基础上确立的针灸治疗疾病的基本理论和原则，刺法灸法叙述的是针灸手法在临床上的具体操作，针对不同的疾病运用经络腧穴的理论加以取穴并施行相应的针灸手法构成了针灸疗法的具体内容。不理会针灸疗法，强调临床应用的整体结构，却把完整的针灸疗法人为割裂成相互独立的四大板块，其结果只是使经络成为空泛的理论概念，腧穴局限为人体解剖上的独立结构，刺法灸法变成纸上谈兵的单纯手法操作，而针灸对疾病的治疗则蜕变为一系列孤立的缺乏针灸具体理论指导和操作方法的临床处方。
又如传统的伤科分成了中医骨伤学基础、中医骨伤学、中医骨病学和中医筋伤学，其中骨伤和筋伤的分科亦欠妥当。中医多筋骨并称，筋骨损伤是伤科疾患最主要的表现，伤骨、伤筋之间既有分别而又互相联系，虽然伤筋不一定动骨，但骨折或脱位时则必有筋的损伤。传统伤科以“伤”命名，突出了因损伤而导致伤筋、骨折、脱位的病因病机特点，临床施治也以整体治“伤”为主，伤筋的治疗往往要兼顾治骨和治脏腑，而治疗伤骨时则更必须治骨和治筋并重，或筋骨脏腑同治。把骨伤和筋伤截然分开，既不符合临床的实际情况，更背离了传统伤科强调整体治疗筋骨脏腑损伤的指导思想。
为了中医教学和临床的实际需要，传统中医或许应该分成若干学科。但在具体分科时，必须考虑到中医的整体性质。整个中医理论的各个组成部分之间始终存在着整体结构关系，整体观念和系统观念是中医最基本的思维方式，分科过细和忽视整体只能带来极为不利的后果。中医新“学”
目前中医里用“学”命名的学科愈来愈多，似乎“学”字已经成为中医科目概念的最佳搭配。
沿袭已久的内科学、外科学、妇科学等姑且不论，近年来陆续出现的新学科便有中医病因学、中医病机学、中医脏象学、中医体质学、中医治则学、中医急症学、中医急诊学、中医心脏病学、中医肝病学、中医肾病学、中医风湿病学、实验中医学、中医实验方法学、中医病案学、经络学、腧穴学、刺法灸法学、针灸治疗学、实验针灸学、特种针法学、针法保健学、中医骨伤学、中医骨病学、中医筋伤学、推拿学、推拿功法学、推拿手法学、推拿治疗学、小儿推拿治疗学、推拿实验学、气功学、中医气功学、中医护理学、中医运气学、中医养生保健学、中医药膳学、中医食养食疗学、中医康复学、中医养生康复学、中医饮食营养学、中医膏药学等数十个，虽未完全胪列，新“学”的众多却是明显存在的客观事实。
就字的本义来说，“学”即“学科”。但学科的概念有两个明确的不同涵义，一是“教学科目”的简称，另一则是指一定的科学领域或一门科学的分支。上述众多学科中的“学”字究竟指的是中医教学中设立的某一科目，还是指中医学的学科分支，抑或仅仅不过是标新立异，实有辨别清楚的必要。
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